L'un des principaux points sur lequel le Neptunisme se concentra et provoqua une controverse quasi immédiate fut l'origine des basaltes. Les basaltes, en particulier sous forme de sills, se différentiaient des flux de lave de surface, et les deux n'étaient pas reconnus comme le même type de roches par Werner et ses étudiants à cette époque. Laves et volcans manifestement d'origine ignée étaient traités comme des phénomènes très récents et non reliés à l'océan universel qui forma les couches constituant la terre. Werner croyait que les volcans se produisaient seulement à proximité des couches de charbon. Les basaltes et wackes les recouvrant, brûlant et fondant, produisaient des basaltes et laves à des altitudes typiquement faibles. La présence de basaltes à plus haute altitude étaient une preuve, pour Werner, qu'ils étaient des précipités chimiques de l'océan.
Une seconde controverse entourant le Neptunisme concerna les problèmes volumétriques associés à l'océan universel. Comment pouvait-il rendre compte du recouvrement de la terre entière, puis de la contraction du volume de l'océan lors de l'émergence des montagnes primitives et transitoire, puis de la formation des dépôts secondaires et tertiaires ? Le déplacement d'un volume significatif d'eau vers l'intérieur de la terre a été proposé antérieurement par Strabon, mais ne fut pas adopté par Werner à cause de son association avec des hypothèses. Néanmoins, avec ses vues sur les basaltes, il ne cru manifestement pas que l'intérieur de la terre fusse fondu. Werner semble avoir escamoté en grande partie la question. Il pensait qu'une partie de l'eau pouvait avoir été perdue dans l'espace par le passage de quelque corps céleste. Toutefois cette interprétation amenait la question reliée de l'explication du retour des eaux que reflétaient les roches secondaires.