L'aéroport a été construit par les forces américaines alors qu'elles occupaient l'Islande durant la Seconde Guerre mondiale. Il a ouvert le 23 mars 1943 dans un but initialement uniquement militaire. Après la guerre, il est devenu un point de ravitaillement pour les vols transatlantiques. Jusqu'aux années 1980, les passagers civils transitant ou à destination de l'aéroport étaient contrôlés par les militaires américains.
Le 11 août 2006, les quatre F-15 de l'USAF présents sur l'île (il y en avait encore 37 en 1990) ont quitté cette dernière et le 30 septembre 2006, la base fut temporairement fermée jusqu'à que l'OTAN confirme l'envoi à partir du 1er avril 2008 de chasseurs pour assurer la police du ciel. Les États membres de l'OTAN se relaient pour assurer la défense de l'espace aérien islandais.
Le terminal Leifur Eiríksson
En 1987, le terminal Leifur Eiríksson (islandais: Flugstöð Leifs Eiríkssonar ou Leifsstöð), tenant son nom de l'explorateur islandais Leifur Eiríksson, a ouvert entraînant la séparation définitive des zones militaires et civiles de l'aéroport. Il s'agit du seul terminal de l'aéroport. Il fut agrandi en 2001 avec l'ouverture d'une aile sud pour s'adapter aux exigences de l'Accord de Schengen. L'aile nord fut, elle, élargie en 2007. Le terminal a un espace duty free.
