En 1964 une partie de l'aéroport militaire de Cracovie a été transmise à l'aviation civile.
En 2003 la compagnie à bas prix irlandaise Ryanair conduisait des négociations concernant l'ouverture des liaisons régulières depuis l'aéroport de Cracovie. Les autorités aéroportuaires n'ont pas donné d'accord sur la diminution des taxes, c'est pourquoi la municipalité de Cracovie et les autorités de la voïvodie ont décidé de construire une seconde aérogare pour les compagnies à bas prix. Des difficultés sont cependant apparues concernant la propriété des terrains, ainsi que la détermination de l'entité responsable de l'aéroport. Même si la nouvelle aérogare n'a pas été construite, l'apparition des premières low-cost a forcé les compagnies aériennes traditionnelles à diminuer les prix sur certaines destinations.
En 2004 de nouvelles liaisons en Europe centrale sont apparues. L'aéroport, après une période de baisse du nombre de transports, a retrouvé son ancienne dynamique. Une concurrence importante est apparue de la part de l'aéroport de Katowice-Pyrzowice qui a réussi à mieux attirer les compagnies à bas-prix. Cracovie esperait toujours une apparition d'autres low-cost, ce qui devrait assurer une augmentation du nombre de touristes visitant la Petite-Pologne et contribuer au développement de la région.
Le 13 octobre 2004, la compagnie à bas prix easyJet a inauguré des liaisons régulières depuis Cracovie.
En 2004, on a proposé d'ouvrir une liaison ferroviaire entre l'aéroport et le centre-ville. Pour cela, on a adapté les rails utilisés antérieurement pour acheminer les citernes de carburant à la base militaire. Depuis le 26 mai 2006 une liaison d'autorail est en place entre la gare centrale de Cracovie et l'aéroport. La station temporaire est située 200 mètres de l'aérogare. Le trajet dure 15 minutes.
Le 28 février 2007, une nouvelle aérogare pour les liaisons internes d'une surface de 1 733 m², pouvant desservir 500 000 passagers par an.
