La compagnie assure de nombreux vols par jour vers 44 destinations dans le monde. Ses destinations sont (entre parenthèses est indiqué le type d'appareil utilisé sur la ligne) :
- Autriche
Vienne (Boeing 737NG),
- Belgique
Bruxelles (Boeing 737NG/B757/B767-200ER),
- République Tchèque
Prague (B737NG),
- France
Marseille (B737NG/B757/B767-200ER), Paris (B737-800/B757/B767-200ER/300ER/B777-200ER/B747-400),
- Allemagne
Berlin (B737NG/B757/B767-200ER/300ER), Francfort (B737NG/B757), Munich (B737NG/B757/B767-200ER),
- Grèce
Athènes (B737NG/B757/B767-200ER),
- Hongrie
Budapest (B737NG/B757/B767-200ER),
- Inde
Bombay (B767-200ER),
- Italie
Milan (B737NG/B757/B767-200ER), Rome (B737NG/B757-200),
- Pays-Bas
Amsterdam (737NG/B757/B767-200ER/300ER/B777-200ER),
- Roumanie
Bucarest (B737NG/B757/B767-200ER),
- Biélorussie
Minsk (B737NG/B757),
- Russie
Saint-Pétersbourg (B737NG), Moscou (B737NG/B757/B767-200ER/300ER/B777-200ER),
- Ukraine
Odessa (B737NG/757), Kiev (B737NG/757/767-200ER),
- Bulgarie
Sofia (B737NG/B757-200),
- Pologne
Varsovie (B737NG/B757/B767-200ER),
- Afrique du Sud
Johannesbourg (B767-200ER/300ER),
- Espagne
Barcelone (B737NG/B757/B767-200ER/300ER/parfois 777-200ER), Madrid (B737NG/757/767-200ER/300ER),
- Suisse
Genève (B737NG/B757/B767-200ER/300ER), Zurich(B737NG/B757/B767-200ER),
- Thaïlande
Bangkok (B767-300ER/B777-200ER/B747-400),
- Royaume Uni
Londres - Heathrow et Luton (B737NG/B757-200/B767-200ER/300ER/B747-400/B777-200ER),
- USA
Los Angeles (B777-200ER),New York (B747-400/B777-200ER),
- Chine
Pékin (B767-200ER/300ER), Hong Kong (B777-200ER)
- Egypte
Le Caire (B737NG/B757/B767-200ER),
- Canada
Toronto (B767-200ER/300ER).
- Brésil
Sao Paulo(B777-200ER)
En raison de l'augmentation du prix du carburant, El Al a décidé d'arrêter la ligne Tel Aviv/Miami à partir du 1 septembre 2008.
Eilat (opéré par Israir, en ATR42, mais El Al utilise parfois ses propres appareils (B737-800/B757-200)),
Ovda (opéré par Israir (ATR42) et par El Al (B737-800/B757-200))
Son hub est à l’aéroport international David-Ben-Gourion de Tel Aviv, au tout nouveau terminal 3 comportant un des plus grands duty free au monde.
El Al relie également directement de façon hebdomadaire Paris Charles de Gaulle à l'aéroport d'Ovda, avec un équipement variable (principalement 737-800/757-200/767-200ER)