L'enquête fait suite à une plainte contre X pour « présentation de comptes inexacts, diffusion d'informations fausses ou mensongères, délit d'initié et recel de délit d'initié ».
À l'origine de la plainte, deux actionnaires déçus de Rhodia : le banquier Édouard Stern, assassiné à son domicile à Genève en mars 2005 et le financier Hugues de Lasteyrie décédé le 13 juillet 2007 à Paris d'un infarctus foudroyant. Hugues de Lasteyrie, qui avait dénoncé à l'époque une « manœuvre grossière », soupçonne Aventis, la société née de la fusion entre Rhône-Poulenc et Hoechst, d'avoir dissimulé la situation réelle de l'entreprise au moment de sa vente.
Au moment de sa filialisation, Rhodia a reçu un certain nombre de passifs qui n'était pas provisionné de façon suffisante dans les comptes, notamment des sites industriels à dépolluer, ainsi que les retraites de certains salariés .
Les soupçons portent en particulier sur l'acquisition en 1999 de la société britannique Albright & Wilson, celle-ci aurait été achetée malgré des pertes cachées afin de doper le cours de l'action Rhodia au moment où Aventis l'a placée sur le marché.
En décembre 1999, Daniel Lebard est nommé PDG d'Albright & Wilson. Il est chargé de gérer la société britannique pour quelques mois en toute indépendance par rapport à Rhodia et Rhône-Poulenc pendant sa phase finale d'acquisition et le temps d'obtenir les autorisations administratives nécessaires. Réclamant une rémunération de l'ordre de 100 millions de francs pour cette responsabilité, il est limogé à ce moment (réf. : L'affaire. L'histoire du plus grand scandale financier français ; éd. du Seuil octobre 2008). Dès lors il ne cesse d'interroger ces deux sociétés sur la sincérité des prospectus présentés aux marchés. Il demande alors à la Supreme Court of the State of New York de se pencher sur des manœuvres éventuelles de Rhône-Poulenc, Rhodia et d'autres afin de tromper, avec le rachat de Albright & Wilson, les actionnaires de Rhodia au profit de Rhône-Poulenc. Suivant les plaidoiries de défense de Rhodia, la Cour avait alors jugé que le cas ne relevait pas de la juridiction de l'État de New York et l'affaire n'avait jamais été jugée sur le fond.
L'instruction française de l'affaire est relayée par les résultats d'une analyse de l'Autorité des marchés financiers (AMF) qui a conclu à des irrégularités comptables entre 2000 et 2003.