92 Ar 96A-1 seulement sortirent des usines Arado et AGO jusqu’en mai 1940. Début 1940 Arado entreprit les essais de deux appareils modifiés pour recevoir un moteur 12 cylindres en V inversé Argus As 410A-1 de 465 ch entraînant une hélice bipale métallique à contrôle automatique de pas. Le fuselage de ces Ar 96B-0 était également allongé pour recevoir plus de carburant. Cette nouvelle version remplaça rapidement la précédente sur les chaines de montage, les premiers Ar-96B sortant d’usine en juillet 1940.
Si 3 300 Ar 96 furent construits, 516 seulement sortirent des usines allemandes. Dès l’été 1940 une chaine de montage avait en effet été installée à Prague, chez Avia. La production du bimoteur Ju-88 étant prioritaire, les derniers Ar 96 produits par AGO furent achevés en avril 1941 et en juin suivant l’usine de Brandenburg arrêtait à son tour sa chaine de montage. En janvier 1944 un autre constructeur tchèque, Letov, fut associé à son tour à la production, qui ne s’acheva qu’en février/mars 1945, une directive industrielle du RLM du 15 mars 1945 ordonnant l’arrêt de la production de tous les avions d’entrainement à l’exception de celle du Bücker Bü 181.
La production de cet avion devait reprendre en Tchécoslovaquie après la fin de la guerre sous la désignation d’ Avia C.2B-1, 227 sortant des usines Avia et 182 de chez Letov jusqu’en 1949.