Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaea (Archaebacteria, Archébactéries, Archées), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Archaebacteria ou Archaea ├─o Thaumarchaeota │ ├─o Cenarchaeales │ ├─o Nitrosopumilales │ └─? Nitrosocaldales └─o ├─o │ ├─o Korarchaeota │ │ │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta │ │ │ ├─o Thermoproteales │ │ ├─o Thermoproteaceae │ │ └─o Thermofilaceae │ └─o │ ├─o Sulfolobales │ └─o │ ├─? Fervidicoccales │ ├─o Acidilobales │ │ ├─o Caldisphaeraceae │ │ └─o Acidilobaceae │ └─o Desulfurococcales ou Igneococcales │ ├─o Desulfurococcaceae │ └─o Pyrodictiaceae │ └─o Euryarchaeota │ ├─? groupes "ARMAN" ├─o Nanoarchaeota └─o ├─o Thermococcales └─o ├─o │ ├─o Methanopyrales │ └─o │ ├─o Methanobacteriales │ │ ├─o Methanobacteriaceae │ │ └─o Methanothermaceae │ └─o Methanococcales │ ├─o Methanococcaceae │ └─o Methanocaldococcaceae └─o ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales │ ├─o Thermoplasmataceae │ └─o │ ├─o Picrophilaceae │ └─o Ferroplasmataceae └─o ├─o Archaeoglobales └─o ├─o Halobacteriales └─o Methanomicrobia ├─o Methanosarcinales │ ├─o Methanosarcinaceae │ ├─o Methanosaetaceae │ └─o Methermicoccaceae ├─o Methanocellales └─o Methanomicrobiales ├─o Methanospirillaceae ├─o Methanocorpusculaceae └─o Methanomicrobiaceae
Si, aujourd'hui, malgré la grande distance séparant les deux principales divisions archéennes, la monophylie du groupe semble acquise (contre l'enracinement des Eucaryotes au sein des Éocytes), la question controversée est celle de l'origine des bactéries méthanogènes : caractère apparu une seule fois tardivement (cf. Gao et Gupta), ou bien une seule fois à la base des Euryarchées (et perdu dans certains groupes ensuite), ou bien à plusieurs reprises. La découverte de nouvelles Archées qui ont vraisemblablement divergé à la base de l'arbre, ou des « nanoorganismes acidophiles archéens de la mine de Richmond » (dits ARMAN), permet de mieux entrevoir la diversité du groupe, en attendant une vue satisfaisante sur sa phylogénie.
Cet arbre a été établi en fonction de la présence de certaines protéines spécifiques dans les différents groupes.