Créée au lendemain de la Première Guerre mondiale (1923), l’AGES (Association Générale des Étudiants de Strasbourg) a d’abord pour objectif de venir en aide aux étudiants revenus du front.
Lorsqu’elle devient fédérative en 1926, elle est renommée AFGES, regroupant ainsi les amicales (associations étudiantes de filières) anciennes (pharmacie, ...) ou plus récentes (droit, médecine, sciences). Ses associations membres étaient et sont encore des associations de droit local d’Alsace-Moselle, c’est-à-dire fonctionnant sous le régime allemand du XIX siècle des associations, et pas sous la loi 1901. L’AFGES est à cette époque, et jusque dans les années 60, la section strasbourgeoise (AGE) de l' UNEF.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les étudiants strasbourgeois se replient à Clermont-Ferrand. Mais l’AFGES survit à la guerre.
En 1966, profitant du désintérêt des étudiants pour leurs structures associatives, des étudiants proches de l’Internationale situationniste accèdent au bureau de l’AFGES avec pour seul programme la dissolution de l’association, en conformité avec leurs idées anti-institutionnelles. Ils écrivent et publient à 10.000 exemplaires la brochure De la Misère en milieu étudiant considérée sous ses aspects social, économique, sexuel et intellectuel, texte aux accents révolutionnaires qui engage le processus qui mènera à la révolte étudiante de mai 68 (en fait, le texte fut principalement rédigé par Mustapha Khayati). L’association est alors placée sous administration judiciaire.
Elle survit à la tourmente des années qui voient l’éclatement de l’UNEF et la séparation définitive entre les « corporations » et les syndicats, se maintient dans l'UNEF jusqu'à son éclatement en 1971.
Elle participe, en 1989, à la fondation de la FAGE (elle en fait encore partie aujourd’hui), pour répondre à la Loi Jospin qui définit ce qu'est une organisation étudiante représentative. D'ailleurs, le président fondateur de la FAGE Jean François LECONTE est à l'époque président de l'AFGES.