La contre-façade comporte de larges fresques des portes Romana et Pispini, un l'Incoronazione della Vergine commencée par Sassetta terminée par Sano di Pietro (1447-1450) et une la Natività di Cristo du Sodoma. Est aussi visible l'ancien portail du XV siècle de Francesco di Giorgio Martini.
Côté gauche de la nef
Crocifissione de Girolamo di Benvenuto, et six retables acquis récemment : Annunciazione de Alessandro Casolani et Ilario Casolano, Madonna col Bambino e Santi de Jacopo Zucchi, Gesù benedicente, la Vergine e i Santi Francesco e Andrea signés et datés de 1605 par Pietro Sorri, Martirio di Santa Martina de Pietro da Cortona, Morte di San Galgano d'un peintre proche de Deifebo Burbarini, Predica di San Bernardino de Dionisio Montorselli.
Côté droit de la nef
Fresque du tympan : Visitazione du Quattrocento, qui comprend trois panneaux : la Predica di San Giacomo de Giuseppe Nicola Nasini, la Natività della Vergine de Giovan Battista Ramacciotti (1671) et La Resurrezione di Lazzaro di Alessandro Casolani et Vincenzo Rustici. La chapelle à gauche est décorée du polyptyque de la Madonna col Bambino e Santi, une fresque de Lippo di Vanni.
Transept et absides
Dans le mur du fond du transept se trouve le San Francesco en marbre du début du XIV siècle provenant de la façade, et dans les chapelles des absides : la deuxième (chapelle Turchi) conserve une cuspide avec la Maddalena tra due angeli de Giovanni d'Agostino ; la troisième (chapelle des Terziari fransiscains), le triptyque néo-gothique d'Arturo Viligiardi et le tombeau de Cristoforo Felici di Urbano da Cortona (1462) ; la quatrième (chapelle Palmieri), la Madonna col Bambino riferita d'Andrea Vanni.
Dans la chapelle centrale, avec le maître-autel de Leopoldo Maccari et Giuseppe Partini avec les effigies funéraires di Silvio Piccolomini et Vittoria Forteguerri, parents du pape Pie II, sculptures d'Antonio Federighi) sur le transept gauche la chapelle absidiale : la sixième (chapelle Piccolomini d'Aragona Todeschini) la Crocifissione de Pietro Lorenzetti, partie d'un cycle de la salle capitulaire et du cloître du couvent avec son frère Ambrogio Lorenzetti, il Martirio di frati francescani e San Ludovico di Tolosa che si congeda da Bonifacio VIII, maintenant dans la chapelle Bandini Piccolomini. L'espace suivant accueille la Madonna col Bambino une fresque de Jacopo di Mino del Pellicciaio. Le transept gauche comprend deux autres chapelles, dont une conserve les Sacre Particole (Hosties sacrées) pendant l'été.
Les formes architectoniques du lieu, dues à Lorenzo di Mariano dit il Marrina (auteur des Vertus cardinales du pavement), ont été restaurées pendant l'Ottocento.