Antiquité
Le site de la basilique faisait partie pendant l'Antiquité de la nécropole qui s'étendait au sud-ouest de la cité de Lugdunum, de même que celui de l'église Saint-Irénée toute proche et construite à la même époque.
À l'époque paléo-chrétienne, la vénération des tombes des premiers chrétiens conduit à la construction d'une basilique funéraire à cet endroit. Par la suite 3 édifices de tailles différentes vont se succéder sur ce lieu.
Dédiée à l'origine aux frères Macchabées, héros juifs du II siècle avant JC, l'église prendra la dédicace de Saint-Just, 13 archevêque de la ville, mort en ermite en Égypte après le transfert en ses murs de son corps et de celui de son disciple Viateur au VI siècle.
Un texte de l'évêque Adon de Vienne du IX siècle atteste de ce changement de nom.
Sidoine Apollinaire relate dans ses écrits une grande cérémonie en l'honneur de Saint-Just qui y aurait eu lieu en 469.
L'évêque de Lyon saint Patient aurait dirigé la construction de la seconde église vers 475.
Au Moyen Âge
À l'époque carolingienne, l'église dispose d'un chapitre d'une vingtaine de chanoines qui prend une importance croissante dans la vie de la cité lyonnaise. Au IX siècle d'importants travaux sont fait et l'église est restaurée.
Le chapitre fera construire un cloitre fortifié et reconstruire l'église au XII siècle qui deviendra une collégiale et la seconde plus grande église de la ville après la primatiale Saint-Jean .
À cette époque l'église et le complexe religieux autour (cloitre...) se trouvent dans le bourg de Saint-Irénée et Saint-Just pourvu d'une muraille distincte de celle de la ville de Lyon.
C'est dans le cloitre de Saint-Just que le pape Innocent IV résida pendant les 7 années qu'il passa à Lyon entre 1244 et 1251 en dehors de la ville de Lyon qui était possession de l'empereur germanique Frédéric II du Saint-Empire qu'il excommunia lors du Ier concile de Lyon en 1245. Il y reçut l'un des successeurs de Frédéric II, Guillaume de Hollande.
En 1248, il bénit Saint Louis et ses frères qui, en route pour la septième croisade, viennent entendre une messe à Saint-Just.
Clément V y fut par la suite sacré pape le 14 novembre 1455 après avoir été élu à Pérouse en juin.
L'église reçut également la visite de Louis XI en 1483, de Marguerite d'Autriche le 8 décembre 1490 et de Charles VIII et d'Anne de Bretagne en 1497.
Pendant les guerres d'Italie, la régente Louise de Savoie y séjourne pendant 2 ans quand son fils François I qui s'était installé à Lyon est retenu prisonnier.
Destruction, reconstruction, redécouverte
Les troupes protestantes du baron des Adrets prennent Lyon dans la nuit du 30 avril au 1 mai 1562 puis le faubourg de Saint-Just le jour suivant. La basilique est détruite par les protestants en septembre 1562. Les pierres seront réemployées dans d'autres bâtiments et les ruines subsisteront pendant que l'église est reconstruite un peu plus loin puis disparaitront peu à peu avec le temps.
Elles seront finalement redécouvertes au 13 de la rue des Macchabées dans les années 1970 dans des fouilles préalables à la construction d'un ensemble immobilier à cet endroit. Des campagnes de fouilles seront effectuées entre 1971 et 1974 puis entre 1978 et 1980. Ne restent plus alors que la base des murs d'une hauteur ne dépassant pas le demi mètre. Une signalisation rouge et jaune permet aujourd'hui de visualiser le plan des deux premières églises d'après les fouilles effectuées.
Classé monument historique en 1984.
