Contrairement à la race domestique dont le plumage est clair, le canard de Barbarie à l'état sauvage est essentiellement noir, avec des taches blanches sur les ailes — néanmoins, les juvéniles en sont dépourvus. Comme tous les canards, il possède trois doigts reliés par une peau formant une palme lui permettant de nager aisément. Son quatrième doigt, opposé à la partie palmée de la patte, est si petit qu'il ne lui est pas d'une grande utilité. C'est la seule espèce de canard à disposer à la fois de palmures et de griffes. Le mâle mesure 86 cm de long en moyenne et pèse entre 2,1 et 3,2 kg. Son plumage foncé est coloré de belles irisations vertes ou roses, sur le dos et sur la poitrine. La femelle est un peu plus petite, avec un poids oscillant entre 970 g et 1,3 kg ; son plumage, plus terne, est dépourvu d'irisation. Le canard musqué se reconnaît facilement à sa caroncule, c'est-à-dire à sa peau rouge qu'il porte sur la tête, de la base du bec jusqu'au cou, en particulier chez le mâle. De plus, celui-ci porte sur le bec une extension de peau, contrairement à la femelle. Quand il est en colère ou qu'il se sent menacé, le canard musqué hérisse une crête de plumes en haut de la tête.