La loi dite Chevènement de 1982 fonctionnarisant le personnel du CNRS, eut ses partisans et ses adversaires :
- les favorables considèrent que les chercheurs vont ainsi bénéficier d'une stabilité propice aux recherches fondamentales et que la recherche ne sera plus dépendante de la grande industrie et des financements privés.
- les opposants noteront que la machine administrative ainsi créée ne peut encourager les bons chercheurs, rapidement démotivés par la permanence de chercheurs médiocres qui avancent au bénéfice de l'âge et sont défendus en dehors des critères scientifiques.
En 2001, la Cour des comptes reprochait au CNRS son « absence de stratégie » et notait que les découpages en secteurs scientifiques constituent un frein majeur à la capacité interdisciplinaire de l'établissement. La cour note également la rigidité thématique, la faiblesse des opportunités d'expression des jeunes talents, le recrutement endogamique (40 à 50 % des recrutements dans le laboratoire de préparation du doctorat), le faible impact de l'évaluation des chercheurs sur leur carrière et les primes distribuées sans lien avec la qualité des services effectués.
En 2002, Olivier Postel-Vinay, directeur de la rédaction du magazine « La Recherche », publiait son livre Le grand gâchis - splendeur et misère de la science française, ouvrage dénonçant ce qu'il nomme les ratés de l'institution. Ainsi, l'auteur notait que le CNRS emploie onze mille chercheurs environ, mais ne parvient à en licencier qu'un ou deux chaque année et que, souvent, ils sont annulés par le tribunal administratif (les chercheurs du CNRS, étant fonctionnaires, ne dépendent pas de la juridiction des prud'hommes). Il a aussi été reproché à la Direction du CNRS de "ne pas diriger grand chose". Le phénomène semble moins lié à des causes organisationnelles qu'au mode de recrutement des responsables (cooptation de scientifiques au profil essentiellement académique, qui ne sont pas des managers).
L'hebdomadaire L'Express du 2 février 2004, citant un rapport de l'Inspection générale des finances sur le CNRS, note les défauts suivants : « Mauvaise répartition des moyens, doublons, absence de contrôles, statut rigide des chercheurs, et surtout une direction qui ne dirige pas grand-chose. » L'Inspection des Finances suggérait qu'il faudrait réduire le rôle du comité national du CNRS (évaluation par les pairs) au profit d'une direction de type traditionnel. Or l'évaluation par les pairs était la grande originalité du CNRS.
L'ancien ministre de la Recherche Claude Allègre défraya la chronique en engageant une réforme importante du CNRS, ce qui conduisit à des manifestations de la part de chercheurs français (2004). Ces polémiques se sont ensuite poursuivies dans un contexte de fronde de l'ensemble de la recherche publique contre le gouvernement de Jean-Pierre Raffarin, accusé de coupes importantes dans les crédits de la recherche. Plus récemment, ces réformes ont été présentées comme également liées à une volonté de reprise en main politique de la stratégie scientifique d'un organisme jugée par trop indépendant.
De nombreuses critiques ont été émises par la Cour des comptes et l'Inspection générale des finances sur le fait que les laboratoires du CNRS seraient rarement, voire jamais, évalués de manière indépendante. Ces institutions notent que la plupart de ces laboratoires répugneraient à utiliser la bibliométrie comme critère d'évaluation, contrairement aux organismes anglo-saxons. Or le syndicat SNCS-FSU s'oppose à la généralisation de la bibliométrie. En 2005, le syndicat de chercheurs SNCS-FSU demande plus de postes statutaires (fonctionnaires) au sein de l'institution et refuse la généralisation de l'évaluation des individus, à laquelle il préfère l'évaluation des recherches — mais pas de façon bibliométrique.
La bibliométrie est une mesure simplement quantitative de la productivité en termes de publications scientifiques. Elle est souvent difficile à mettre en œuvre, car un usage inconsidéré peut mettre sur le même plan des publications peu importantes scientifiquement, et d'autres beaucoup plus importantes. Elle ne prend pas en compte les dimensions officiellement mises en avant par la commission européenne, le ministère français de la recherche et la direction du CNRS elle-même, à savoir la dissémination, la formation, et la communication de leur savoir par les chercheurs, qui sont plus difficilement quantifiables. Le débat porte donc en fait principalement sur le degré de bibliométrie académique utilisé.
La loi sur la recherche a été débattue au parlement le 7 mars 2006. Elle semble loin de répondre aux demandes des chercheurs du CNRS et des autres organismes de recherche publique en particulier ceux du collectif "Sauvons la Recherche".