La Chancellerie des Universités de Paris assiste le recteur-chancelier dans la gestion des différentes universités de l'académie de Paris. Elle assure le contrôle a posteriori des actes de ces établissements, ainsi que de ceux des bibliothèques interuniversitaires de l'académie, notamment en ce qui concerne les investissements de l'État. Suite au passage à l'autonomie, qui l'a dessaisie de la gestion des personnels universitaires, sa principale mission au quotidien est la gestion des biens des universités, notamment de leur patrimoine commun et indivis. Elle assure ainsi la gestion du complexe de la Sorbonne, de la Villa Finaly, du château de Ferrières, du domaine de Richelieu et d'autres biens légués à l'ancienne université de Paris.
Du fait de la situation un peu particulière de l'Île-de-France, la chancellerie des universités de Paris a un ressort qui peut dépasser la seule académie de Paris pour englober, sur certaines affaires, les dix-sept universités de la région. Le ministre de tutelle peut également lui confier par arrêté la gestion des biens d'autres établissements publics, ce qui constitue un régime dérogatoire. Pour les mêmes raisons, son organisation est légèrement différentes des autres chancelleries d'universités. Son conseil d'administration comporte un vice-chancelier, inexistant ailleurs, huit personnalités nommées par le ministre de tutelle au lieu des quatre accoutumés et il accueille de façon permanente le délégué régional des services fiscaux de la région, en plus du directeur régional des impôts. Lorsque le conseil délibère à propos des biens confiés à la chancellerie sous le régime dérogatoire de l'académie de Paris, les directeurs des établissements concernés sont également invités à y siéger.