Il commande le débouché, dans cette vallée, d’un vallon descendant du Nord du plateau où culminait le Château de Bonneville, depuis longtemps disparu. Son but était manifestement de commander ce point important pour la circulation, dans cette région de plateaux boisés et broussailleux.
Les documents qui auraient pu renseigner sur l’histoire étaient dans les archives de Biron et ils ont disparu avec celles-ci, soigneusement brûlées au moment de la Révolution. On trouve néanmoins ci et là quelques traces de ce château et de ses seigneurs ainsi que d’une paroisse dédiée à saint Germain, à laquelle évidemment le château doit son nom.
Au temps de Saint Louis, le Seigneur de Saint Germain était le plus ancien vassal du puissant Seigneur de Biron.
Il participe avec Guillaume de Biron, son suzerain, à la première croisade en 1124. Ils partiront tous les deux de l’abbaye de Cadouin.
Le Seigneur de Saint Germain avait en outre le privilège de tenir la bride du cheval de la Dame de Biron quand elle faisait sa première entrée dans la cour du château. Elle s’asseyait et Saint Germain, à genoux, les mains jointes, sans arme, lui demandait d’agréer son hommage et lui prêtait l’hommage lige avec serment de fidélité.
Lorsqu’il regagnait son manoir, il recevait en souvenir le cheval, le harnais, et la robe même que portait la Dame de Biron le jour de la cérémonie.
L’ancienne coutume du Périgord permettait de se battre en duel pour châtier le coupable d’un crime. En 1310, Hugues de Saint Germain tua sa sœur d’un coup de dague. Aimeric de Biron, ayant voulu l’en réprimander, Hugues répartit avec insolence ; il accepta de se rendre à Molières, en armes et à cheval, le mardi après la Saint Jacques. Le sénéchal anglais assistait à la rencontre. Hugues fut vaincu et tué dans le combat. Comme il était coupable d’un crime capital ,ses biens furent confisqués au profit du duc de Guyenne. Le sénéchal félicita même Aimeric de Biron et lui fit restituer les sommes dépensées pour la rencontre.
Le château de Saint Germain jouera son rôle au moment des guerres de religion. Il abritait une garnison tantôt catholique, tantôt protestante, au hasard du destin des armes.
Le 28 décembre 1984 il a été inscrit Monument historique et plusieurs cheminées du premier étage ont été classées.
De nombreux films de cape et d’épée ont utilisé le décor de Saint Germain pour y tourner des scènes d’action et en particulier une séquence de «La fille de d’Artagnan » avec Philippe Noiret et Sophie Marceau.
