Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Chromalveolata (Chromalvéolés, Chromoalvéolés), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Chromalveolata s.l. ├─o groupe « S.A.R. » │ │ │ ├─o Rhizaria ► │ └─? │ ├─o Heterokonta ou Stramenopiles ► │ │ │ └─o Alveolata ou Alveolobionta │ │ │ ├─o Ciliophora ou Ciliata ► │ └─o │ ├─o Colponemea │ └─o Miozoa ou Myzozoa │ │ │ ├─o Dinozoa ou Dinoflagellata ► │ │ │ └─o Apicomplexa ► └─o Hacrobia ├─o Picobiliphyta ou Biliphyta ├─? Cryptista │ ├─o Katablepharida ou Kathablepharida │ └─o │ ├─o Telonemia │ └─o Cryptophyta │ ├─o Goniomonadaceae │ └─o │ ├─o Pyrenomonadaceae │ └─o │ ├─o Proteomonas │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Falcomonas │ │ └─o │ │ ├─o Hemiselmidaceae │ │ └─o Chroomonadaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o groupe Teleaulax │ │ └─o groupe Geminigera │ └─o │ ├─o Cryptomonas │ └─o groupe Guillardia └─? ├─o Centrohelea ou Centroheliozoa │ ├─o Pterocystina │ │ ├─o Pterocystidae │ │ ├─o Choanocystidae │ │ └─o Heterophryidae │ └─o Acanthocystina │ ├─o Acanthocystidae │ ├─o Raphidiophryidae │ └─o Marophryidae └─o Haptophyta ├─o Pavlovophyceae └─o Prymnesiophyceae ├─o Prymnesiales ├─o Phaeocystales ├─o Isochrysidales │ ├─o Prinsiaceae │ ├─o Gephyrocapsaceae │ ├─o Isochrysidaceae │ ├─o Ochrosphaeraceae │ └─o Hymenomonadaceae └─o Coccolithophorales ├─o Zygodiscaceae ├─o Calciosoleniaceae ├─o Pontosphaeraceae ├─o Syracosphaeraceae ├─o Helicosphaeraceae ├─o Coccolithophoraceae ├─o Rhabdosphaeraceae ├─o Braarudosphaeraceae ├─o Halopappaceae └─o Ceratolithaceae
 Macrocystis pyrifera (Phaeophyceae, Laminariales) |  Fucus indéterminé en laisse de mer (Phaeophyceae, Fucales) |  Diatomeae, d'après Haeckel (1914) : Kunstformen der Natur |  Diatomées marines |
 Isotricha intestinalis (Ciliata) |  Paramecium aurelia (Ciliata) |  Plasmodium vivax (Plasmodiidae), l'agent d'une des formes de paludisme |
La monophylie du groupe n'est pas avérée, ni celle des Chromistes en son sein. Comme montré ci-dessus, les Straménopiles pourraient être plus proches parents des Alvéolés que des Haptophytes et Cryptophytes dont la parenté au sein des Hacrobia semble de mieux en mieux vérifiée. Straménopiles et Alvéolés pourraient former un ensemble avec les Rhizariens (sans que les relations plus précises fassent encore l'objet d'un consensus).
Quant aux Héliozoaires, la polyphylie du groupe semble avérée, et ses différents taxons sont répartis entre Rétariens, Cercozoaires et Straménopiles, les seuls Centrohéliozoaires étant désormais rapprochés des Haptophytes et Cryptophytes.
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également la nomenclature traditionnelle (règnes, phyla, classes, etc.).
Les deux principaux groupes, Chromistes et Alvéolés, ne sont pas réunis dans le même règne ; on trouvera ce qui concerne les Alvéolés, les Haptophytes et les Cryptophytes ► ici et ce qui concerne les Straménopiles ► là.
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Chromalvéolés.