| Ciliés | |
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| Classification | |
| Domaine | Eukaryota |
| Sous-domaine | Bikonta |
| Division | Alveolata |
| Embranchement | |
| Ciliophora (Doflein, 1901) Copeland, 1956 | |
| Synonymes | |
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| Taxons de rang inférieur | |
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| Position phylogénétique | |
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| Groupe frère : Miozoa | |
Les Ciliés (Ciliophora ou Ciliata) sont des Eucaryotes unicellulaires caractérisés par la présence de cils vibratiles à leur surface à au moins un instant de leur cycle. Ils constituent un embranchement des Alveolata.
Les Ciliés sont parmi les unicellulaires les plus complexes, la cellule est polarisée, et les organites sont disposés précisément de manière à former des zones dédiées à la nutrition, à la motricité ou à l'excrétion.
Ils sont d'une grande taille parmi les unicellulaires (entre 30 et 300 µm). Leurs cils sont généralement disposés en rangées longitudinales ou obliques nommées cinéties, leur extrémité est encastrée dans un système tangentiel de microfibrilles. La répartition des cils est variable, elle se spécialise souvent pour donner des appareils locomoteurs particuliers et des structures servant à la capture de proies. Chaque cil possède une mitochondrie qui permet son activation et des microtubules qui lui donnent rigidité et flexibilité.
Ils ont la particularité de possèder deux noyaux : un micronoyau reproducteur qui sert pendant la mitose à la transmission du patrimoine génétique et un macronoyau végétatif qui permet de synthétiser les protéines. La reproduction s'effectue en une division longitudinale qui permet d'obtenir deux ciliés identiques.
Leur nutrition se fait par la capture de proies au niveau du péristome : des groupements de cils appelés cirres vibrent et créent des mouvements d'eau qui aspirent les proies jusqu'à la membrane. Les proies sont ingérées par endocytose , puis digérées par les lysosomes. De nombreuses espèces possèdent un cytostome.
Les Ciliés sont présent dans les eaux douces, saumâtres et marines où ils existent sous diverses formes : formes libres nageuses, formes fixes pédonculés, formes coloniales, formes parasitaires non pathogènes ou formes symbiotiques.
Hétérotrophe, ils se nourrissent de particules organiques, de bactéries, d'autres ciliés, de flagellés voire d'animaux microscopiques. Leurs structures orales se spécialisant selon leur régime alimentaire.
Les plus vieux fossiles connus de Ciliés sont ceux de l'ordre des Tintinnides : ces ciliés sécrètent des loges protéiques qui peuvent se fossiliser. Jusqu'en 2007, les plus vieux fossiles connus dataient de l'Ordovicien (- 450 Ma).
Des fossiles plus anciens ont été trouvés datant de -580 millions d'années (période Édiacarien) dans la Formation Doushantuo
On dénombre environ 8 000 espèces de Ciliés.
Quelques exemples de Ciliés :
 Isotricha intestinalis |