Les cils sont des structures filiformes situées à la surface de certaines cellules eucaryotes.
Dans un organisme microscopique (unicellulaire ou pluricellulaire), ce sont des structures très proches du flagelle situées en grand nombre sur la périphérie de la cellule. Ces structures n'ont alors d'intérêt qu'en environnement fortement aqueux, elles induisent soit un mouvement de la cellule elle-même, soit une agitation du milieu extérieur afin de faciliter la recherche de substances ou d'organismes nutritifs. Voir l'article sur les cils vibratiles.
Un organisme composé entièrement de cils est appelé un holotriche. C'est une holotrichie.
Dans un organisme supérieur, les cils apparaissent sur certaines cellules spécifiques de l'organisme en question. Ils n'ont aucune utilité dans la mobilité.
Leurs rôles et constitutions sont très variables, ils peuvent contrôler le déplacement et la répartition d'un mucus (comme c'est le cas dans les bronches) ou capter les vibrations de l'air pour les transformer en influx nerveux.