Les premières tentatives d'organisations d'étudiants au sein de la CNT se sont fait jour juste avant mai 1968, principalement à Paris, Toulouse et Marseille, sous l'appellation JSR (Jeunes syndicalistes révolutionnaires). Ces groupes n'ont pas véritablement profité des évènements de mai 68 et ont fini par disparaitre assez rapidement au début des années 1970.
Dans les années 1990, il y a un relatif redémarrage de la CNT via la création de groupes en milieu universitaire, à Caen tout d'abord et à Pau ensuite.
L'acceptation de ces groupes au sein de la CNT en tant que syndicat à part entière fut l'objet de vifs débats, où s'opposaient deux conceptions que l'on retrouvera de nouveau face à face lors de la scission de 93.
Pour les uns, sur une base plus syndicaliste révolutionnaire, la CNT était avant tout une organisation de travailleurs, dans laquelle les étudiants n'avaient pas leur place en tant que tels. Ils devaient s'organiser à côté - et non dans la CNT.
Pour les autres, sur une conception plus anarchosyndicalistes, avec la massification des études supérieures les étudiants n'étaient plus les futurs cadres du système capitaliste mais des futurs travailleurs en formation et avaient à ce titre leur place à part entière dans la confédération. L'opposition porta également sur le rôle que devait jouer ces syndicats étudiants et sur le rôle de la CNT dans les mouvements sociaux.
Ainsi, les groupes étudiants de Paris (Nanterre, Jussieu) et Grenoble s'étaient ils rapprochés d'autres groupes d'extrême gauche (RED, dissidents de l'UNEF, etc ...) pour monter une coordination informelle prête à se déployer en cas d'apparition d'un mouvement étudiant à la prochaine rentrée universitaire.
Lors d'une réunion à Paris au printemps 1992, les divergences tactiques entre les deux blocs (CLE-CNT de Caen, CLE de PAU, Jeunes Libertaires CNT de Toulouse vs Groupes étudiants CNT de Nanterre, Jussieu, de Grenoble ) apparurent au grand jour. Pour les premiers, cette tactique était purement gauchiste et manipulatrice.
Après la scission de 93, le secteur parisien qui avait manifesté son opposition à la création de structures propres révisa sa position de façon à pouvoir intégrer les jeunes en provenance du SCALP première époque, alors en pleine décomposition, et ainsi se doter d'une base militante active nécessaire à leurs projets.
Ainsi, les premières sections universitaires de la CNT apparaissent vers 1995. Elles étaient appelées FAU (Formation Action Universitaire). Certainement pour jouer avec les sigles d'une autre organisation syndicaliste révolutionnaire et anarcho-syndicaliste allemande FAU (Freien Arbeiter Union). Mais peu explicite, il a été remplacé en 2006 par SR (Supérieur Recherche), autre jeu de sigles avec CGT SR pour Syndicaliste Révolutionnaire.
Les sections universitaires de la CNT publient un journal appelé "Coup de Griffe". Pendant quelque temps la parution fut suspendue mais depuis le mouvement contre le CPE, la parution a été relancée sous une nouvelle maquette plus lisible.
Elles participent également à "N'autre école", la publication de la CNT-FTE et publient "N'autre FAC".