Le 14 décembre 2007 les locaux de la CNIL ont été occupés une matinée par plusieurs dizaines de personnes qui ont notamment déployé une banderole « Informatique ou libertés, il faut choisir ». Le collectif Pièces et Main d'Œuvre avance, dans un texte d'avril 2007, que la Cnil ne bénéficie que d'une « pseudo-indépendance » et rappelle que « depuis juillet 2004, la loi a décidé que les services de police n'auraient même plus à s'asseoir sur les avis de la Cnil pour créer de nouveaux fichiers. Celle-ci était inaudible et silencieuse, la voici muette. Rien qu'un guichet de police. »
Le 6 novembre 2009, le Conseil d'État a annulé deux sanctions prononcées en 2006 par la CNIL à l’encontre de sociétés effectuant de la prospection commerciale par téléphone, sanctions faisant suite à un contrôle surprise ne nécessitant aucune autorisation judiciaire. Après plainte de ces entreprises, le conseil d’État a estimé que les contrôles doivent être « préalablement autorisés par un juge », à moins que le responsable de l'entreprise ait été « préalablement informée de son droit de s'opposer » au contrôle .
La C.N.I.L. est, toutefois,j désormais tenue de respecter le secret professionnel des activités qui y sont assujetties. Cette disposition méconnue relève du nouvel article 21 de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 tel qu'il a été modifié par la loi n° 2004-801 du 6 août 2004 qui stipule : Sauf dans les cas où elles sont astreintes au secret professionnel, les personnes interrogées dans le cadre des vérifications faites par la commission en application du f du 2° de l’article 11 sont tenues de fournir les renseignements demandés par celle-ci pour l’exercice de ses missions.
Le Conseil constitutionnel dans une décision n° 2004-499 DCC du 29 juillet 2004 a rappelé cette obligation qui concerne donc toutes les professions tenues au secret professionnel :
15. Considérant qu'en vertu du dernier alinéa de l'article 21 de la loi du 6 janvier 1978, dans sa rédaction issue de l'article 3 de la loi déférée, les personnes interrogées dans le cadre des vérifications faites par la Commission nationale de l'informatique et des libertés sont tenues de fournir les renseignements demandés par celle-ci pour l'exercice de ses missions « sauf dans les cas où elles sont astreintes au secret professionnel »;
16. Considérant que, selon les requérants, cette référence au secret professionnel constitue « un recul quant aux garanties apportées aux exigences constitutionnelles applicables en la matière » ; qu'ils font valoir que « dans la loi de 1978, il n'était pas possible d'opposer un tel secret aux agents de la CNIL » et qu'« une telle restriction déséquilibre manifestement le régime de protection de la vie privée et de la liberté individuelle des personnes dont les données personnelles ont fait l'objet d'un traitement;
17. Considérant que, dans le silence des dispositions de la loi du 6 janvier 1978 antérieures à la loi déférée, les personnes interrogées par la Commission nationale de l'informatique et des libertés étaient déjà soumises au secret professionnel ; que, dès lors, le grief manque en fait;