La consanguinité entre deux individus (personnes ou animaux) se définit comme la proportion d'allèles identiques par descendance. C'est donc un nombre compris entre 0 et 1, souvent exprimé en pourcentage. Notez qu'il est bien question d'allèles et non de gènes : les humains possèdent tous quasiment les mêmes gènes , un pourcentage sur les gènes serait inexploitable.
Deux clones, deux vrais jumeaux sont parfaitement consanguins (100%). Ils ne sont pas pour autant identiques : les empreintes digitales de jumeaux diffèrent, les pelages de chats ou de bovins clonés aussi, etc.
La consanguinité de parent à enfant, en supposant une consanguinité nulle (cas d'école impossible en pratique) entre les deux parents, est de 25%. En effet, l'enfant partage dans ce cas la moitié de ses chromosomes ou plus exactement de ses allèles avec chacun de ses parents.
La consanguinité de ces enfants entre eux est la même que celle vis-à-vis de leur parents. Cela implique qu'un enfant d'un accouplement entre frère et sœur a le même degré de consanguinité qu'un enfant d'un accouplement entre parent et enfant. La multiplication de ce type d'accouplement conduirait rapidement, sans l'apparition aléatoire de mutation parfois significative, à une consanguinité de 100%, c’est-à-dire à un clonage avec un unique allèle pour chaque caractère non sexuel (il resterait toujours la différence entre les chromosomes sexuels, X et Y). Mais, inversement, il suffit d'un seul accouplement exogame pour faire immédiatement tomber la consanguinité à 0%
On peut également définir, sur cette base, une consanguinité moyenne dans une population, comme la moyenne des consanguinités. Elle dépendra du nombre de variantes (allèles) du même gène qui sont disponibles dans la population, et donc du nombre d'ancêtres différents qui ont fondé la population considérée et du taux de mutation depuis cette fondation.
Coefficient de consanguinité
En génétique des populations, le coefficient de consanguinité (souvent noté Cc ou F) est la probabilité pour que les deux allèles que possède un individu en un locus donné soient identiques à cause d'un ancêtre commun.