Dans la recherche mathématique, il est fréquent que soient émises des conjectures, c'est-à-dire des propriétés que l'on pense être justes. La découverte d'un contre-exemple permet d'arrêter la recherche d'une démonstration ou d'affiner les hypothèses nécessaires à la réalisation de la conclusion.
C'est ainsi que Fermat conjectura que tous les nombres Fn=22n+1 (où n est un entier naturel quelconque ; ils sont appelés nombres de Fermat) sont premiers , car il avait constaté que les nombres F0, F1, F2, F3 et F4 l'étaient.
Euler prouva que cette conjecture était fausse en exhibant le contre-exemple suivant : il calcula tout simplement F5, qui vaut 4294967297 et qui est divisible par 641.
De même, la conjecture « Une fonction dérivable est-elle intégrale indéfinie de sa dérivée ? »" et la découverte de multiples contre-exemples comme celui de l'escalier de Cantor ont permis aux mathématiciens d'affiner les concepts d'intégrale et de primitive.
Trouver un contre-exemple pour prouver qu'une proposition est fausse est souvent tout aussi difficile que de trouver une démonstration pour prouver qu'une proposition est vraie. De même, vouloir faire une preuve par l'exemple est souvent tout aussi difficile qu'une démonstration directe (sauf cas immédiat de preuve par l'exemple de propriétés existentielle).