La Chute de Reach
Cortana a d'abord servi d'IA de commandement de vaisseau, assistant le capitaine et tout l'équipage dans les calculs de trajectoires, de solutions de tirs et de tout ce qui a trait au pilotage. Elle fut notamment IA du Pillar of Autumn, commandée par Jacob Keyes, lors de la bataille de Reach.
Cortana peut également être insérée dans un réseau neural, comme celui des armures Mjolnir. Elle fut donc assignée au Spartan 117, John. Avec elle à ses côtés, les capacités de John, déjà très grandes, augmentaient sensiblement. Après la débâcle de Reach, Keyes, à bord du Pillar of Autumn, quitta le système à la poursuite de vaisseaux Covenants, dans l'espoir qu'ils aillent jusqu'à leur système natal. La mission de Keyes et des Spartans était à l'origine de s'y rendre pour capturer un des chefs religieux des Covenants, surnommés Hiérarques ou Prophètes.
Malheureusement, le chemin des vaisseaux Covenants était celui de Halo, une gigantesque construction à échelle planétaire, en forme d'anneau. Cortana dut quitter le Pillar, attaqué par les Covenants du secteur, et fit à nouveau équipe avec John, qui quitta le vaisseau en direction de l'anneau.
Combat Evolved
Une fois à la surface de la construction, Cortana s'attela à découvrir les origines de Halo, les raisons de sa construction et celles de l'intérêt que lui portaient les Covenants, qui semblaient le vénérer au même titre qu'une relique.
Ce fut donc Cortana, en étant insérée dans la Salle de Contrôle de Halo, qui découvrit la teneur du danger que représentait cet anneau. Il avait été construit par une très ancienne race, les Forerunners, pour se préserver des Floods, ou Parasite, une race vivant de l'infection d'autres espèces intelligentes pour s'étendre. Le seul moyen de les vaincre étant de les empêcher d'infecter, les Forerunners construisirent plusieurs Halo à des points stratégiques de l'univers afin de pouvoir, une fois les anneaux activés, ravager toute vie intelligente de l'univers. Les anneaux étaient donc des armes, et Cortana, avec l'aide de John, fit tout pour empêcher l'activation de celui-ci, si proche de la Terre qu'elle la détruirait avec toute la galaxie. Le problème était que l' « éruption » du Parasite avait éveillé 343 Guilty Spark, l'IA à la tête de Halo (qu'il nomme Installation 04, car c'est le 4 Halo construit par les Forerunners), qui souhaitait donc l'activer pour maîtriser le Parasite. John devait l'arrêter pour empêcher la destruction d'une partie de l'univers.
Le Pillar of Autumn s'était écrasé sur Halo. Cortana, toujours avec l'aide du Spartan, surchargea les moteurs du vaisseau, dans l'espoir de provoquer une explosion telle que l'anneau serait détruit avec le Pillar. Pour cela, il fallait les implants neuraux de Keyes, capturé par le Parasite.
Ce dernier ayant tué le capitaine sans obtenir de lui la localisation de la Terre (le Parasite voulait s'y déverser pour infecter toute vie terrienne), John put sans remords anéantir ce qui restait de Keyes pour récupérer les implants dans son cerveau liquéfié. Il s'en servit pour activer l'autodestruction du vaisseau, puis surchargea les moteurs.
Après que Cortana et John eurent quitté le vaisseau, celui-ci explosa, brisant et anéantissant l'anneau.
Halo 2
Contrairement à ce qu'on peut penser, Halo 2 n'est pas tout à fait la suite de Halo. Pour ceux qui auraient lu le livre Opération First Strike, c'est en effet la liaison entre les deux premiers jeux.