Après l’armistice de 1918, les péronnais retrouvent une église fantôme : seuls les murs ont résisté, ainsi qu’une voûte où l’on retrouve encore aujourd’hui la peinture murale du XVI siècle : « la Belle Mort ». Indéniablement frappée par l’artillerie alliée, l'église l'a aussi été par les Allemands : les charges non explosées retrouvées dans la ville le prouvent.
Face à son état désastreux, en novembre 1919, le Conseil Municipal s’interroge même sur l’opportunité de reconstruire l’église ailleurs afin d’en hâter le relèvement. Devant les réactions très négatives de leurs administrés, le conseil abandonne cette idée dès avril 1920 : l'église Saint-Jean-Baptiste renaîtra là où elle a toujours été !
Les dégâts subis par l’édifice sont évalués à presque 1,9 million de francs (valeur 1914). Pour faciliter sa reconstruction, en janvier 1922, la ville adhère à la Coopérative Diocésaine de la Somme. L’édifice étant classé, les futurs travaux se feront sous la surveillance de l’Administration des Beaux-Arts et sous la direction des Architectes des Monuments Historiques.
Le 9 février 1925, le projet de reconstruction de Saint-Jean est accepté par la Municipalité et les différents services concernés. La somme allouée à cette reconstruction dépasse alors les 6 millions de francs ! Le relèvement de celle que les Allemands appelaient Kathedrale dure plus de 7 ans. Au cours de cette restauration, on essaie de réutiliser un grand nombre des sculptures d’origine. Le reste étant envoyé au Château pour y former un petit musée lapidaire.
Enfin, le dimanche 10 juillet 1932, la bénédiction solennelle de la troisième église Saint-Jean est présidée par M Charles-Albert-Joseph LECOMTE, évêque d’Amiens. Symboliquement, le représentant des Monuments historiques remet les clefs de la nouvelle église à la Municipalité, au cours d'une cérémonie fastueuse. Symbole de cette nouvelle consécration, des croix bleues et blanches ont été peintes sur les piliers. En souvenir, tous les noms des conseillers municipaux en activité en 1932 ont été gravés sur les nouvelles cloches, ainsi que les textes qu’elles portaient déjà après 1871.
