Dans ses publications, Emmanuel Dockès plaide en faveur d'une simplification et d'une meilleure accessibilité du droit, fustigeant l'hyperactivité législative (il popularise en 2005 l'expression de "stroboscope législatif" reprise par le Conseil d'Etat) et, en droit du travail plus particulièrement, l'accumulation d’exceptions et de dérogations, entraînant une "perte de sens" et de nombreuses "régressions" pour les salariés.
A ce titre, il critique la recodification du code du travail appliquée en 2008, qu'il qualifie de "décodification" , aboutissant à toujours plus d'inaccessibilité et comportant, malgré la promesse d'une réforme "à droit constant" plusieurs régressions .
Auteur de nombreuses réflexions sur le thème des relations de pouvoir dans l'entreprise et la sphère économique , Emmanuel Dockès étend sa réflexion au-delà du domaine juridique dans "Valeurs de la Démocratie" (2005), ouvrage où il se propose de "placer les mots du droit en vis-à-vis des valeurs de la démocratie". Au travers de la définition de huit notions : "liberté" "égalité" "pouvoir" "droit" "contrat" "propriété" "intérêt" et "représentation", il avance une nouvelle définition de l'idéal démocratique.
En novembre 2007, il dirige la publication de « Au cœur des combats juridiques - Pensées et témoignages de juristes engagés » rassemblant enseignants-chercheurs, magistrats, syndicalistes et militants associatifs autour "de pensées, de récit, d’exemples, qui témoignent de la variété des chemins que peut emprunter celui ou celle qui entend user de l’outil juridique et de son savoir, au service d’une certaine éthique, d’une certaine conscience.".