Ordonné prêtre le 29 avril 1939, Enrico Zoffoli obtient un doctorat de philosophie et devient professeur à l’Accademia di san Tommaso d'Aquino, puis à l’Université pontificale du Latran (Rome).
Il est l’auteur de nombreux ouvrages de philosophie, de spiritualité, de théologie, d’histoire et d’hagiographies. On lui doit en particulier une monumentale étude de la vie et de la spiritualité de saint Paul de la Croix.
La pensée de Zoffoli est très influencée par saint Thomas d’Aquin et sainte Thérèse de Lisieux.
En 1992, il publie le « Dictionnaire du christianisme » qui fut salué avec enthousiasme par l’Osservatore Romano du 16 avril 1993.
Dans les dernières années de sa vie il s’intéressa vivement au thème du mystère eucharistique.
Il est enfin connu pour avoir pris position contre les errements du mouvement néocatécuménal.