Muni de deux lettres de courtoisie du Régent destinées à Hitler et à Himmler ainsi que de cadeaux pour le Führer (un habit de lama et un chien de chasse) , Schäfer quitta le Tibet en août 1939. À son retour à Berlin, il reçut l'anneau à tête de mort (totenkopfring) et le poignard d'honneur des SS en reconnaissance de ses accomplissements . L'année 1939 le vit également passer son doctorat.
Lors de son interrogatoire par le Renseignement militaire américain en 1946, Schäfer déclara qu'à son retour du Tibet en août 1939, il avait rencontré Himmler pour lui exposer son projet d'une nouvelle expédition en cas de guerre : avec quelques hommes, il se rendrait au Tibet en avion, gagnerait les Tibétains à la cause allemande et mettrait sur pied un mouvement de résistance en s'inspirant de l'action de l'Anglais Lawrence pendant la première guerre mondiale . Ce projet toutefois n'eut pas de suite.
En 1942, il fut promu au grade de Sturmbannführer (major) dans la SS .
En 1943, on lui confia, dans le cadre de l'Ahnenerbe, la direction d'un tout nouvel institut des études asiatiques qu'il baptisa Sven Hedin Institut für Inner Asien und Expeditionem (Institut Sven Hedin pour la recherche en Asie centrale), du nom de l'explorateur suédois Sven Hedin .
C'est lui qui fut à l'origine, avec le botaniste SS Heinz Brücher, de la mission visant à s'approprier des semences du botaniste soviétique Nikolaï Vavilov et effectuée par Brücher à la mi-1943, les deux demandant l'autorisation pour ce faire, le 1 juin 1943, à l'Obergruppenführer Oswald Pohl .
L'année 1943 vit aussi la sortie du film Geheimnis Tibet (« Tibet secret »), réalisé à partir des pellicules rapportées du Tibet. Il fut projeté à l'occasion de l'inauguration officielle de l'Institut Sven Hedin le 16 janvier 1943, en présence de l'explorateur suédois lui-même. Ce dernier, sous le coup de l'enthousiasme, s'écria : « Grandiose, merveilleux, ce que nous avons vu ici ! », et se tournant vers Schäfer : « Vous êtes l'homme qui devait continuer mes recherches et qui doit les continuer ». Et de fait, sous la conduite de Schäfer, l'Institut devait devenir le plus grand département de l'Ahnenerbe .
En 1945, on lui décerna la croix du mérite de guerre de deuxième classe avec glaives.
Il aurait aussi fait des photographies d'expériences médicales menées au camp de travail de Dachau . Il aurait en outre reçu une collection de « crânes asiatiques » prélevés sur des prisonniers par l'anthropologue Bruno Beger .
Schäfer passa les dernières années de la guerre à la tête non seulement de l'Institut Sven Hedin mais aussi d'un institut d'étude et de recherche sur la génétique des plantes et d'une fondation d'étude et de recherche sur l'élevage chevalin, tous deux liés à l'Ahnenerbe également . Il enfourcha le tout dernier dada de Himmler : les origines d'un mythique cheval roux à la crinière blanche .
À l'été 1945, il tomba aux mains des Alliés à Munich. Étant officier d'une organisation criminelle, la SS, il eut droit à la dénazification et fut interné trois ans durant avant d'obtenir un certificat d'exonération (persilschein) . Il minimisa ses liens avec le régime nazi et prétendit que ni la politique ni l'idéologie n'étaient entrées en ligne de compte dans ses recherches scientifiques . Il affirma qu'il était devenu SS, uniquement mû par le désir d'obtenir les moyens d'effectuer ses recherches . Il s'était retrouvé « pris dans une toile d'araignée ». Il s'en tira avec une amende .
