En mai 2003, de jeunes écologistes participent au contre-G8 à Évian. Suite à ce mouvement ils décident de quitter leurs partis afin de créer une organisation ayant pour but de poursuivre le rassemblement des écologies, en dehors de toute structure politique, et ce dans le champ des université. Ils adoptent en septembre leur texte fondateur : Le Réveil.
L'organisation se présente aux élections du CROUS à Rouen en 2004 et obtient 12% des suffrages. De 2004 à 2006, l’organisation se développe et de nouveaux groupes se forment dans de nombreux campus en France.
Aux élections universitaire de 2006 obtient 7 élus , ainsi qu'un élu suppléant au CNOUS, suite à un accord technique avec la FAGE. Ce type d'accord ne sera toutefois pas reconduit, les militants considérant que s'il apportait un intérêt certain en termes de visibilité, il n'était pas en adéquation avec les principes de base du mouvement. Ainsi, si Fac Verte maintient ses résultats aux élections de 2008 (6 élus), elle perd sa représentation nationale.
En 2010, il existerait 11 groupes locaux mais des listes ne sont pas montées dans toutes ses villes. Suite à ses élections Fac Verte n'a plus que trois élus crous, mais l'organisation se maintient aux élections - plus locales - des conseils centraux des universités.