Position géographique et climats (océanique, continental, méditerranéen et montagnard) expliquent en grande partie que la faune de France soit très diversifiée. En effet, une grande variété de milieux existe sur une superficie relativement restreinte : bocages, milieux agricoles, forêts tempérées, forêts méditerranéennes, zones humides intérieures, cours d'eau, littoraux sableux, littoraux rocheux et falaises, collines, moyennes montagnes, hautes montagnes, villages et villes.
Animaux unicellulaires, les protozoaires sont présents dans tous les milieux. Si une majorité d'entre eux mènent une vie libre, un grand nombre sont des parasites d'animaux ou de l'homme.
Les amibes présententent, selon les espèces, les deux types de modes de vie. Ainsi, l'Amibe protée Chaos diffluens vit dans la terre humide et au fond des mares tandis qu'Entamoeba coli peuple le gros intestin de l'homme sans action pathogène.
La plus connue des éponges, appartenant à la classe des Démosponges, est celle qui forme l'éponge de toilette (Spongia officinalis), qui vit en Méditerranée et dont le squelette corné mais souple est commercialisé sous le nom d'éponge naturelle ou même d'éponge "végétale" ! D'autres espèces marines peuplent les eaux françaises comme Suberites domuncula et Myxilla incrustans. En eau douce, se rencontre notamment Spongilla fluviatilis.
Espèces d'eau douce françaises : Ephydatia fluviatilis, Ephydatia muelleri, Eunapius fragilis, Sanidastra yokotonensis, Spongilla lacustris, Trochospongilla horrida
Cet embranchement comporte un millier d'espèces en France.
L'embranchement des Mollusques comporte quatre classes, toutes représentées en France.
La classe des Amphineures est divisée en trois sous-classes dont celle des Monoplacophores représentée par une seule espèce dans le golfe de Gascogne (la plupart des taxons vivant dans les fosses marines du Pacifique).
La classe des Gastéropodes est la plus importante de cet embranchement par le nombre d'espèces. Les principaux Prosobranches sont les patelles (Patella vulgata, Patella aspera, Patella intermedia, Patella coerulea et Patella lusitanica) et les bigorneaux (Littorina littoralis, Littorina saxatilis, Littorina neritoides et Littorina littorea). Les Pulmonés comprennent essentiellement les escargots terrestres (Escargot de Bourgogne , Petit-gris, Hélice des bois et Hélice des jardins), les limaces (Limax maximus, Arion rufus et Deroceras reticulatum) et les escargots dulçaquicoles (Limnée naine Limnaea trunculata, Limnée des étangs Limnea stagnatilis et Planorbe cornée Planorbis corneus).
On évalue à 39 000 espèces d'insectes présent en France métropolitaine.
Environ 1 500 espèces d'araignées sont connues de France. La famille des Linyphiidae, typique des régions tempérées froides, compte le plus de représentant avec près de la moitié des espèces connues. Viennent ensuite les Salticidae (ou araignées sauteuses), la famille la plus riche d'espèce à travers le monde et particulièrement dans les régions tropicales et équatoriales. Vient ensuite la famille des Lycosidae (ou araignées loups).
La faune de France métropolitaine est pauvre en scorpions :
En dehors de Buthus occitanus, les espèces françaises sont trop petites pour causer des piqûres. Pour B. occitanus, la piqûre des individus rencontrés en France, bien qu'un peu douloureuse, n'est en rien dangereuse. Le venin de cette même espèce est plus dangereux au Maghreb.
En Martinique, on peut voir 3 espèces différentes de scorpion : Centruroides barbudensis, Isometrus maculatus et Didymocentrus lesueurii. En Guadeloupe en plus de C. barbudensis et I. maculatus vit Centruroides pococki. Aux Saintes, en plus de C. pococki se rencontre Oiclus purvesii. En Guyane, on peut rencontrer pas moins de 20 espèces différentes de scorpions. A la Réunion se trouve Liocheles australasiae ainsi que peut-être encore I. maculatus et Chiromachus ochropus. En Nouvelle-Calédonie, 4 espèces sont présentes : Cercophonius squama, Isometrus heimi, Liocheles waigiensis et L. australasiae.
Cet embranchement comporte des Appendiculaires, des Ascidiacés (ou Ascidies) et des Thaliacés (ou Thalies).
Cet embranchement n'est représenté en France que par une seule espèce (seulement 13 au niveau mondial) : l'Amphioxus ou Lancelet (Branchiostoma lanceolatum) présent sur toutes les côtes jusqu'à 40 m de profondeur.
La France métropolitaine compte plus de 600 espèces de vertébrés (hors poissons de mer).
Cette classe est divisée en deux sous-classes : les Sélaciens (requins et raies) et les Holocéphales (Chimères). Cette dernière est assez rare dans les eaux françaises.
Cette classe est divisée en deux sous-classes : les Chondrostéens (représentés en France par une seule espèce, l'Esturgeon) et les Téléostéens. Cette sous-classe comporte en France 17 ordres et au moins 61 familles. Le nombre d'espèces est difficile à préciser, le recensement des divers poissons marins étant très délicat à effectuer. En eau douce et saumâtre, elles sont au nombre de 80 environ (dont au moins 65 exclusivement en eau douce).
Cette classe est représentée en France par 29 espèces appartenant à deux ordres : les Urodèles et les Anoures.
En France, la classe des reptiles est représentée par l'ordre des Chéloniens (tortues) et celui des Squamates subdivisé en deux sous-ordres : les Sauriens (lézards et Orvet) et les Ophidiens (serpents), soit au total 39 espèces.
On évalue à 273 le nombre des espèces nichant en France métropolitaine de façon régulière. Sur ce chiffre, 51 sont menacés et 22 en danger d'extinction.
En France métropolitaine, la classe des oiseaux compte 22 ordres réunissant 73 familles et 537 espèces.
Cette classe est représentée en France par sept ordres réunissant 28 familles comprenant au total 135 espèces, dont une vingtaine occasionnelles (essentiellement phoques et cétacés).