Avant 2002, différentes associations ont existé pour représenter et défendre les intérêts moraux et matériels des étudiants en ergothérapie ou kinésithérapie. Constatant que ces associations mourraient en fonction des départs des étudiants, il y a été décidé de créer une association avec plusieurs types d'étudiants.Finalement, l'impulsion venant de Patricia Rey, étudiante en ergothérapie à Lyon, le choix s'est rapidement imposé de créer une structure regroupant les ergothérapeutes et les kinésithérapeutes, étant donné qu'à Lyon, les étudiants sont dans la même association. Ainsi, l'Association Nationale des Étudiants en Masso-Kinésithérapie et Ergothérapie de France (ANEMKEF) a été créé. De 1998 à 2002, elle était membre de Promotion et défense des étudiants (PDE) pour assurer sa représentation au sein du Ministère de l'Éducation nationale. Les personnes qui ont créé l'ANEMKEF sont devenues des professionnels, et le dernier comité décida de la dissoudre.
Cependant, la nécessité d'une unité entre les étudiants de cette corporation ne devait pas s'éteindre, surtout pour un domaine tel que la kinésithérapie dans le virage de son avenir.
Considérant que l'union fait la force, la création d'une nouvelle organisation regroupant les étudiants kinés et ergothérapeutes s'avéra indispensable(dans certaines villes les étudiants en kinésithérapie et ergothérapie forment la même association). Le 16 février 2002, les représentants de 6 associations se réunirent à Paris. Conscients des enjeux pour le futur de leurs études mais aussi de leur profession, ils fondèrent la Fédération Nationale des Etudiants en Kinésithérapie et Ergothérapie (FNEKE). Luc Morfin (étudiant en masso-kinésithérapie à l'origine de cette réunion) en devint le premier Président et les statuts furent déposés à la Préfecture de Police de Paris le lendemain.
Petit à petit, les étudiants en ergothérapie se différencièrent de ceux de la kinésithérapie. En 2003, la FNEKE devint la FNEK (Fédération Nationale des Étudiants en Kinésithérapie).
Les étudiants en Ergothérapie s'unifièrent en 2006 au sein de l'Union Nationale des Associations Étudiantes en Ergothérapie (UNAEE) basée sur des principes identiques.
Au cours de années , la FNEK ne cessa de grandir en développant de nouveaux projets et en fédérant l'ensemble des associations étudiantes de masso-kinésithérapie françaises. Par conséquent elle s'imposa comme représentative au yeux des organisations professionnelles de kinésithérapie, de l'Ordre nouvellement créé, mais surtout aux yeux de l'Etat.
Au fur et à mesure de son évolution, elle passa d'un statut de petite structure à celui une grande fédération. Durant les années 2007 et 2008, un nouveau souffle est donné et la nécessité de s'adapter à ce changement s'avera nécessaire. Pour répondre à cette nouvelle réalité, elle vota de nombreuses modifications au sein de ses statuts (issues des réflexions engagées au cours de l'année précédente), lors de son septième congrès à Nice en 2009.
