Les premiers Fokker E.V sont livrés aux escadrilles de chasse Jasta 6, Jasta 1, Jasta 19, Jasta 24 et Jasta 36 fin juillet 1918, avant d'être interdits de vol un mois plus tard.
Après sa remise en production en octobre 1918, les livraisons reprennent. Sur la suggestion du commandement allemand, l'appareil modifié portera la nouvelle dénomination Fokker D.VIII. Dès lors, les appellations "E" et "Dr." furent supprimées et tous les nouveaux chasseurs reçurent l'appellation "D" . Les premiers exemplaires du D.VIII commencèrent à arriver aux unités de première ligne et ils prirent part au combat pour la première fois le 24 octobre 1918, au sein du Jasta 11. Le Jasta 5 reçut un exemplaire du D.VIII, et le célèbre as allemand Erich Lowenhardt obtiendra quelques victoires à son bord, mais il privilégiera toutefois le Fokker D.VII.
Avec un total de 289 avions produits au cours des dernières semaines de la guerre, le Fokker D.VIII a la particularité d'être le dernier appareil à avoir enregistré une victoire en combat aérien. Certains exemplaires furent ramenés en Hollande, en Italie, au Japon, aux États-Unis et en Angleterre comme trophées, mais la plupart seront mis au rebut conformément aux termes de l'armistice.
À la fin de la guerre, les forces aériennes polonaises capturent 17 avions, mais seulement sept (six E.V et un D.VIII) sont en état de vol. Ils seront tous utilisés contre les forces soviétiques pendant la Guerre russo-polonaise de 1920. Le Lieutenant Stefan Stec obtient la seule victoire polonaise à bord d'un D.VIII en abattant un chasseur Nieuport 17 ukrainien, le 29 avril 1919. En 1921, tous les exemplaires sont retirés des unités de première ligne et transférés à la Szkoła Obsługi Lotniczej (unité d'entraînement).
En Belgique, quelques appareils ont été reçus à titre de réparation, et furent utilisés jusque dans les années 20 comme appareil d'entraînement.