Folding@home

Folding@home
Développeur	Université Stanford
Première version	1 octobre 2000
Dernière version	Windows : 6.23 (multiprocesseur) 6.23 (GPU) Mac OS X : 6.24.1 (PPC-multiprocesseur) 6.29 (x86-SMP) Linux : 6.02 (monoprocesseur) 6.29 (x64-SMP) PlayStation 3 : 1.41 (31 mars 2010)
Version avancée	6.29 beta (Windows SMP) (21 janvier 2010)
Langue	Anglais
Licence	Propriétaire
Site Web	https://folding.stanford.edu/French/Main

Folding@home est un projet de calcul réparti dont le but est d'étudier le repliement de protéine dans diverses configurations de température et de pression afin de mieux comprendre ce processus et d'en tirer des connaissances utiles qui pourraient, entre autres, permettre de fabriquer de nouveaux médicaments, notamment contre la maladie d'Alzheimer, la drépanocytose et certains types de cancers.

Le responsable du projet est Vijay S. Pande, de l'université américaine Stanford.

Ce projet était soutenu par Google, qui avait intégré dans la Google Toolbar, sous Windows, un bouton permettant de lancer ou stopper le processus et informe sur son état d'avancement.

Folding@home est organisé par une institution à but non-lucratif (le Pande Group de la Stanford University's Chemistry Department), ce qui est une garantie que les résultats des calculs seront accessibles aux chercheurs et autres scientifiques du monde entier.

L'étude est effectuée par un moteur ou client, que chacun peut installer sur son ordinateur (sous Windows, Linux, Mac OS ou PlayStation 3 , en ligne de commande ou en mode graphique, sous forme d'un écran de veille). Ce client, va effectuer les calculs sur le CPU ou le GPU de l'ordinateur (selon la formule choisie). Pour des raisons de sécurité, le code source de ce logiciel n'est pas diffusé. En effet, dans le cas contraire, n'importe qui serait en mesure de fausser le projet en communiquant de fausses molécules aux serveurs.

Chaque calcul occupe le processeur ou le GPU client quand il n'est pas utilisé. Cela ne donne donc lieu à aucun ralentissement de la machine. Chaque calcul dure de 4 à 200 heures environ, selon la configuration matérielle de l'ordinateur.

Le client télécharge une nouvelle unité de travail (en anglais « WU » pour work unit) de manière automatique dès qu'il a fini de calculer la précédente.

Un unité de travail définit un ensemble de paramètres pour la simulation de repliement de protéines. Les calculs eux-mêmes sont effectués par un des « cores » suivants : Tinker, Gromacs, Amber, CPMD, Sharpen, ProtoMol et Desmond.

Console de Linux

Voici ce qu'affiche le logiciel en mode console, sous Linux :

Note: Please read the license agreement (FAH504-Linux.exe -license). Further use of this software requires that you have read and accepted this agreement. --- Opening Log file [June 25 19:20:17] # Linux Console Edition ####################################################### ############################################################################### Folding@Home Client Version 5.04 https://folding.stanford.edu ############################################################################### ############################################################################### Launch directory: /home/*****/temp/FAH Executable: ./FAH504-Linux.exe [19:20:17] - Ask before connecting: No [19:20:17] - User name: ***** [19:20:17] - User ID: ***** [19:20:17] - Machine ID: 1 [19:20:17] [19:20:17] Loaded queue successfully. [19:20:17] + Benchmarking ... [19:20:21] [19:20:21] + Processing work unit [19:20:21] Core required: FahCore_78.exe [19:20:21] Core found. [19:20:21] Working on Unit 03 [June 25 19:20:21] [19:20:21] + Working ... [19:20:21] [19:20:21] *------------------------------* [19:20:21] Folding@Home Gromacs Core [19:20:21] Version 1.80 (March 16, 2005) [19:20:21] [19:20:21] Preparing to commence simulation [19:20:21] - Looking at optimizations... [19:20:21] - Files status OK [19:20:23] - Expanded 3079410 -> 18750117 (decompressed 608.8 percent) [19:20:23] [19:20:23] Project: 1477 (Run 9, Clone 33, Gen 0) [19:20:23] [19:20:23] Assembly optimizations on if available. [19:20:23] Entering M.D. Gromacs is Copyright (c) 1991-2003, University of Groningen, The Netherlands This inclusion of Gromacs code in the Folding@Home Core is under a special license (see https://folding.stanford.edu/gromacs.html) specially granted to Stanford by the copyright holders. If you are interested in using Gromacs, visit www.gromacs.org where you can download a free version of Gromacs under the terms of the GNU General Public License (GPL) as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version. [19:20:48] (Starting from checkpoint) [19:20:48] Protein: p1477_release31_0 [19:20:48] [19:20:48] Writing local files [19:20:48] Completed 74640 out of 125000 steps (60%) [19:20:54] Extra SSE boost OK. [19:20:58] [19:20:58] Folding@home Core Shutdown: INTERRUPTED [19:20:58] CoreStatus = 66 (102) [19:20:58] + Shutdown requested by user. Exiting. Folding@Home Client Shutdown.

Windows, mode graphique

Sous Windows, en mode graphique, le client fonctionne sous forme d'écran de veille.

Client GPU

Folding@home fonctionne aussi avec les GPU ATI (X18xx, X19xx, HD 2xxx,HD 3xxx, HD 4xxx et HD 5xxx) et les GPU Nvidia (GeForce 8xxx, GeForce 9xxx et GeForce GTX 2xx), cela a permis de décupler de manière significative la puissance de calcul dédiée au projet, grâce à l'architecture massivement parallèle des puces 3D actuelles.

Windows, dans la Google Toolbar

Sous Windows, dans Internet Explorer, une icône Folding@home pouvait être incluse dans la Google Toolbar. Un menu était accessible via cette icône. Il permettait de mettre en pause le calcul, le paramétrer ou encore accéder aux statistiques.

Google a maintenant cessé d'inclure cette fonctionnalité dans sa Google Toolbar.

PlayStation 3

La puissance de calcul et l'accès aux réseaux de la PlayStation 3 ont inspiré l'université Stanford qui coopère avec Sony pour que la PS3 participe à Folding@home sous le nom de cure@PS3.

Le projet a été lancé le 23 mars 2007 (jour du lancement européen de la console) sous forme d'une mise à jour. Le 25 mars, plus de 30 000 PS3 avaient déjà renvoyé des unités de calcul et la puissance totale de calcul de Folding@home atteignait les 952 TéraFLOPS, dont 697 pour les PS3. Folding@home a atteint le PétaFLOPS (10 opérations par seconde) en septembre 2007 .

Au milieu de l'année 2009, l'équipe de Stanford a lancé un projet de stockage partagé du nom de Storage@home.

Son principe est de stocker le résultat des calculs scientifiques sur les ordinateurs personnels des participants à Folding@home plutôt que sur un serveur central à Stanford. Le projet est donc complémentaire de Folding@home.

Ce système est en phase de tests depuis mi 2009.