Les premières expéditions hollandaises sont arrivées en 1637. Celle commandée par Mathias Beck qui a débarqué en 1649 à Mucuripe, est à l'origine de la construction du Fort, qui reconquis par les Portugais sera renommé Nossa Senhora da Assunção. C'est le fort qui est à l'origine du nom de la ville.
Il faudra attendre le 17 mars 1823 pour qu'elle soit élevée au rang de ville par l'Empereur Dom Pedro I .
Dans les années 1840-1889, l'évolution du commerce et de l'exportation grâce à son port (avec l'Angleterre principalement) et son système ferroviaire - ainsi que la concentration politico-administrative, font de Fortaleza une capitale de fait.
En 1880, la ville développe les services et équipements urbains : transport en commun, service téléphonique et poste. En parallèle les premiers journaux et institutions culturels et éducatifs se développent.
Début 1900, la ville est déjà la 7ème du pays. Les première automobiles roulent dans la ville en 1910, suivies par les tramways électriques et plus tard, camions et autobus.
La croissance de la ville s'accélère à partir de 1950 avec l'exportation d'origine végétale et animale. Jusqu'en 1960, la croissance de la ville atteint 100%.
Au début des années 1990, la ville est une des plus importantes villes du Brésil, tournée vers le tourisme, l'exportation, les services et l'industrie.