Francisco Suarez est né à Grenade. Son père était un avocat renommé. Il envoya son fils à l'université de Salamanque, l'une des plus renommées d'Espagne à cette époque, pour suivre les cours de la faculté de droit. Mais Francisco Suarez fut attiré par les prédications de Juan Ramirez. Il entra dans le noviciat des Jésuites. Il enseigna la philosophie, puis la théologie.
Entré à seize ans dans la compagnie de Jésus à Salamanque, il y étudia la philosophie et la théologie de 1565 à 1570. Il semble avoir été un élève assez peu prometteur au départ, et faillit renoncer à ses études après avoir échoué deux fois à l'examen d'entrée. L'ayant réussi à sa troisième tentative, il se distingue par la suite en philosophie comme en théologie, avant d'être ordonné prêtre en 1572, puis de partir enseigner la première de ces disciplines à Ávila et Ségovie (1575), Valladolid (1576), Rome (1580-1585), Alcalá (1585-1592), Salamanque (1592-1597) et enfin Coimbra (1597-1616).
Il écrivit abondamment, sur un grand nombre de sujets ; ses œuvres complètes en latin tiennent en vingt-six volumes : traités juridiques, sur les relations entre l'Église et l'État, la métaphysique et la théologie.
Pendant sa vie, il est considéré comme le plus grand philosophe et théologien de l'époque, et reçoit le surnom de Doctor Eximius (extraordinaire, exceptionnel) ; le pape Grégoire XIII assista à son premier cours à Rome. Le pape Pie V l'invita à réfuter les erreurs de Jacques Ier d'Angleterre, et souhaita l'attacher à sa personne pour profiter de ses connaissances. Quant à Philippe II d'Espagne, il l'envoya à Coimbra pour redonner du prestige à l'université de la ville.
Après sa mort, ses écrits continuèrent d'exercer une influence considérable, notamment sur certains des principaux philosophes du XVII siècle, entre autres Grotius, Descartes et Leibniz.
En particulier, les méditations sur la philosophie première de Descartes (1641) empruntent quelques éléments aux travaux de métaphysique de Francisco Suarez.
Les talents de Francisco Suarez furent reconnus à Rome par le pape Grégoire XIII. Il enseigna la théologie morale avec succès dans plusieurs villes d'Espagne. Le pape Benoît XIV pensait que Francisco Suarez était l'une des deux lumières d'Espagne, avec Vélasquez.