Il survivra cependant à ce massacre en étant recueilli par un Rapace colonial de l'un des deux vaisseaux de guerres humains ayant échappé à la destruction, le battlestar Galactica. Comme les autres humains ignoraient tout de sa négligence qui avait coûté la vie à des milliards de personnes, il fut engagé en tant que conseiller scientifique par la nouvelle Présidente, Laura Roslin. Il put ainsi concevoir un « détecteur de cylons » qui permet, grâce à une analyse sanguine, de démasquer les cylons humanoïdes. Il put aussi soigner la Présidente de son cancer du sein.
Il devint très populaire parmi la flotte des survivants, ce qui lui valut d'être élu Représentant des capricains au Quorum des Douze. Ce même Quorum le nommera vice-président des Douze Colonies et même s'il n'aime pas la politique, il acceptera le poste à la demande de Roslin, et ce, en raison de son goût pour la célébrité.
Quelques mois plus tard, sous l'impulsion de Tom Zarek, devenu son éminence grise, il se présente contre Laura Roslin aux élections présidentielles. Il sera d'abord très en retard dans les sondages. En effet, Roslin a un bon bilan, alors que Baltar n'a pas de programme et se contente d'attaquer Roslin sur sa croyance en une ancienne prophétie religieuse qui affirme que les survivants de l'holocauste nucléaire trouveront une planète mythique appelée la Terre et en feront leur nouveau foyer. Cependant, une nouvelle planète fut découverte par la flotte, impossible à découvrir pour les cylons à cause d'une nébuleuse, et Baltar fit de l'installation immédiate sur cette planète son thème de campagne. La flotte, fatiguée d'être sans cesse poursuivie par les cylons, et en quête d'une planète qui n'existe peut-être pas, se rangea donc du côté de Baltar et il fut élu président des Colonies avec une courte avance sur Roslin, malgré le trucage du vote par celle-ci.
Sa première action en tant que président fut d'ordonner l'installation immédiate de la flotte sur la nouvelle planète, nommée New Caprica. Cependant, l'incapacité totale de Baltar et la rudesse du climat firent que l'installation fut laborieuse et chaotique.
Un an plus tard, les cylons trouvèrent la Nouvelle Caprica et l'envahirent. Baltar n'opposa aucune résistance et offrit la capitulation sans condition de la planète. Il devint ensuite chef d'un gouvernement de collaboration avec les cylons.
Par ailleurs, depuis l'attaque des Douze Colonies, Baltar souffre d'une étrange vision : son ancienne compagne, Numéro Six, lui apparaît sans cesse, pour lui parler, le conseiller, l'influencer, ou le déstabiliser selon les cas. Elle tente aussi de le convertir à la religion monothéiste des cylons. Elle prétend être réelle, venant d'une puce électronique qu'elle aurait implantée dans son cerveau quelque temps auparavant. Un scanner cérébral ne révéla rien, mais elle lui a parfois donné des informations capitales qui se sont révélées véridiques. Cependant, cette vision déclare surtout être une envoyée de Dieu et que Baltar a été choisi pour un plan qui reste pour lui un mystère. Lors de son passage chez les cylons, un hybride lui confirmera qu'il est l'élu.
Lors de l'affrontement final avec Cavil, son apparition se révèle être réellement un ange, et Baltar tente de convaincre Cavil de relâcher Héra. Il s'installe sur la nouvelle Terre et projette de devenir agriculteur en vivant avec Caprica Six.