Le peuple des Douze Colonies vit dans une lointaine région spatiale où leurs ancêtres vinrent jadis s'établir sur douze planètes pour l'avenir de l'humanité et prospérer. Après mille ans d'histoire connue et une très longue guerre, leurs ennemis les Cylons, une race de robots, disparaît mystérieusement.
Les hostilités cessèrent inexplicablement puis un jour, ils réapparurent sous la forme déjà connue de leurs serviteurs à l'apparence de robots humanoïdes, des élites et des multitudes de centurions cylons, qui semblent n'avoir jamais reçu l'ordre de cesser la guerre. Ce qui semble avoir survécu aux cylons, ce sont surtout leurs troupes et leur équipement.
Ceux-ci, après une pause inexpliquée dans les hostilités continuèrent donc leur tâche : la guerre contre les ennemis de leurs créateurs. Ils réapparurent sans laisser d'indices au préalable et attaquèrent en nombre très important, leur coup était bien préparé, ils parvinrent à surprendre les défenses des Douze Colonies et avec l'aide d'un traître, le Comte Baltar, cela fut aisé.
Les Douze Colonies possèdent encore au moment de cette infamie une importante flotte stellaire de guerre en ordre de marche, un héritage de la précédente guerre et une précaution contre un retour des Cylons. Malgré la défense héroïque des forces qui parvinrent à agir avant d'être détruites, ils réussirent à conquérir les planètes des Douze Colonies.
Les humains survivants qui parvinrent à fuir formèrent une flotte hétéroclite sous la protection du dernier vaisseau base spatiale de combat, le battlestar Galactica et de son commandeur Adama un homme avisé qui prend la tête de cette assemblée de fugitifs, et se met à la recherche de la mythique 13 colonie, qui aurait été s'établir sur une lointaine planète de légende ayant pour nom la Terre.
La conquête des colonies ne leur suffisant pas, les agresseurs des Douze Colonies ne veulent pas laisser de survivant. Aidés par un humain, le Comte Baltar (John Colicos), ils accordent à ce dernier le commandement d'une flotte de cylons, qu'il utilise pour poursuivre et tenter de détruire les derniers survivants des Douze Colonies qui fuient en convoi à la recherche de la Terre.
Chaque fois que possible, Baltar cherche à attaquer, à nuire au Galactica et au convoi de survivants qu'il protège, mais c'est une tâche difficile car son objectif s'éloigne des Douze Colonies et possède des forces de défenses qui le tiennent en échec.
