Il est bientôt connu des hommes de science qui apprécient ses découvertes et, bien qu’amateur, il sait très rapidement s’imposer. Il entretient notamment une correspondance avec Darwin, dont il partage les idées évolutionnistes. On reconnaît ses résultats et on admire sa droiture. Le cas de Saporta est exceptionnel. Il n’aura jamais le souci de gravir les échelons d’une carrière et peut donc affirmer ses opinions sans crainte de déplaire.
Il voyage pour ses recherches, se rend aussi au Muséum national d'histoire naturelle de Paris, assiste aux réunions des sociétés savantes, participe à des congrès. Il use de son influence pour qu'un musée d'histoire naturelle soit créé à Aix et lui donne une partie de son herbier et de sa collection de plantes fossiles.
À la mort d'Alcide Dessalines d'Orbigny, il participe avec Louis Édouard Gourdan de Fromentel et Henry Testot-Ferry à la création du Comité de paléontologie française. L'objectif est de poursuivre laPaléontologie française de d'Orbigny : 16 nouveaux volumes verront le jour et servent toujours de référence aujourd'hui.
Il est très présent dans les activités locales et, en 1866, entre à l’Académie des sciences d’Aix-en-Provence, dont il sera plusieurs fois président. En quelque sorte, il suit une destinée familiale puisque depuis trois générations, quatre membres de sa famille en ont fait partie.
Connu des milieux scientifiques nationaux, il est sollicité par de nombreuses sociétés savantes en France et à l'étranger. Il devient membre associé, titulaire ou correspondant de 20 sociétés, reçoit la légion d’honneur en 1873. En 1876, il est élu membre correspondant de Académie des sciences de Paris. Ses publications sont considérables, allant de comptes rendus scientifiques aux ouvrages de vulgarisation pour le grand public, mais il publie aussi des ouvrages plus historiques ou littéraires, notamment sur la famille de Madame de Sévigné.
À partir de 1893, sa santé devient fragile et il a des troubles cardiaques. Il décède deux ans plus tard, le 26 janvier 1895 à Aix-en-Provence, d’une crise cardiaque.
Au centre d'Aix-en-Provence dans le bourg Saint-Sauveur, une rue porte son nom. C'est au numéro 21 de celle-ci, alors dénommée rue de la Grande-Horloge, que vivait le savant. Elle part de la place de l'Hôtel-de-Ville pour aboutir au boulevard extérieur, et est jalonnée par la cathédrale. On y trouve notamment le musée du Vieil-Aix, qu'abrite l'hôtel d'Estienne-de-Saint-Jean, et l'Institut d'études politiques d'Aix-en-Provence.
Gaston de Saporta est le père d'Antoine de Saporta.