La Loire
Le fleuve traverse le Loiret du sud-est vers l'ouest. La Loire entre dans le département au niveau de Beaulieu-sur-Loire et en ressort au niveau de Tavers. Son débit aux environs d'Orléans est essentiellement souterrain, provoquant parfois des effondrements circulaires du lit, les bimes. Les bancs de sable y sont instables, ce qui explique partiellement la relative mauvaise réputation du fleuve dans ce secteur.
D'est en ouest, la Loire arrose les communes de Beaulieu-sur-Loire, Bonny-sur-Loire, Châtillon-sur-Loire, Ousson-sur-Loire, Briare, Saint-Firmin-sur-Loire, Saint-Brisson-sur-Loire, Gien, Saint-Martin-sur-Ocre, Poilly-lez-Gien, Nevoy, Saint-Gondon, Dampierre-en-Burly, Lion-en-Sullias, Ouzouer-sur-Loire, Saint-Aignan-le-Jaillard, Sully-sur-Loire, Saint-Père-sur-Loire, Saint-Benoit-sur-Loire, Guilly, Germigny-des-prés, Sigloy, Châteauneuf-sur-Loire, Ouvrouer-les-Champs, Saint-Denis-de-l'Hôtel, Jargeau, Mardié, Bou, Sandillon, Chécy, Saint-Denis-en-Val, Combleux, Saint-Jean-de-Braye, Saint-Jean-le-Blanc, Orléans, Saint-Pryvé-Saint-Mesmin, Saint-Jean-de-la-Ruelle, La Chapelle-Saint-Mesmin, Chaingy, Mareau-aux-Prés, Saint-Ay, Meung-sur-Loire, Baule, Dry, Lailly-en-Val, Beaugency, Tavers.
Affluents de la Loire
Le Loiret
Le Loiret est une résurgence de la Loire. Il donne son nom au département et ne fait que 12 kilomètres de long. Le Loiret est constitué d'une partie des eaux de la Loire qui rejaillissent dans le parc Floral de La Source après avoir cheminé de manière souterraine. Le phénomène a donné son nom au quartier d'Orléans-la-Source.
La région entre Loire et Loiret est classée « zone inondable », elle est pourtant fortement urbanisée. Les communes d'Orléans, Olivet et Saint-Pryvé-Saint-Mesmin y sont implantées. La dernière crue remonte maintenant à plus de cent ans.
D'est en ouest, le Loiret arrose les communes d'Orléans, Olivet, Saint-Pryvé-Saint-Mesmin, Saint-Hilaire-Saint-Mesmin et Mareau-aux-Prés. Il se jette dans la Loire à la pointe de Courpin.
Le Cosson
Le Cosson prend sa source à Vannes-sur-Cosson puis arrose, dans le Loiret, les communes de Sennely, Ménestreau-en-Villette, La Ferté-Saint-Aubin et Ligny-le-Ribault, avant de poursuivre sa route dans le département de Loir-et-Cher.
Le Beuvron
Le Beuvron prend sa source à Cerdon.
Affluents de la Seine
L'Essonne
L'Essonne a une source double et se compose de l'Œuf et de la Rimarde.
Le Loing
Le Loing arrose Montargis. L'Ouanne, le Cléry, la Bézonde, le Betz et l'Aveyron sont des affluents du Loing qui sillonnent le département du Loiret.
Les canaux
Le canal d'Orléans, le canal latéral à la Loire et le canal de Briare.