Il y a 5 000 ans (3000 av. J.-C.), des habitants du littoral de la Chine du Sud, cultivateurs de millet et de riz, commencent à traverser le détroit pour s'installer à Taïwan. Vers 2000 avant J.-C., des migrations ont lieu de Taiwan vers les Philippines. De nouvelles migrations commencent bientôt des Philippines vers Célèbes et Timor et de là, les autres îles de l'archipel indonésien. Vers 1500 av. J.-C., un autre mouvement mène des Philippines en Nouvelle-Guinée et, au-delà, les îles du Pacifique. Les Austronésiens sont sans doute les premiers navigateurs de l'histoire de l'humanité.
Guam, découverte en mars 1521, appartient à la couronne espagnole jusqu'en 1898, année à laquelle elle fut cédée aux États-Unis après la guerre hispano-américaine.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, Guam est attaquée par le Japon trois jours après l'attaque sur Pearl Harbor. Ne possédant aucune arme lourde pour arrêter les Japonais, les marines défendant Guam se rendent. Dans le cadre de la conquête des îles Mariannes et juste après l'invasion de Tinian par les États-Unis dans le cadre de la guerre du Pacifique, Guam fut reconquise par les États-Unis lors de la bataille de Guam.
Elle demeure une importante base pour les forces armées des États-Unis dans le Pacifique. Andersen Air Force Base a été utilisé entre autres pour les raids de bombardement stratégique depuis cette période et sa rade est l'une des trois pouvant accueillir des porte-avions de l'US Navy dans la région.