Le nom de Timor est attesté dès le XIV siècle après J.-C. Le Nagarakertagama, un poème épique écrit en 1365 dans le royaume javanais de Majapahit, mentionne en effet « Timur » parmi les quelque cent « contrées tributaires » du royaume. En réalité, le territoire contrôlé par Majapahit ne s'étendait que sur une partie de l'est et du centre de Java. Les contrées tributaires étaient en fait des comptoirs formant un réseau commercial dont Majapahit était le centre. Majapahit y envoyait des dignitaires dont le rôle était de s'assurer que ces comptoirs ne s'adonnaient pas à un commerce privé qui échapperait au royaume.
Tomé Pires, un apothicaire portugais qui, de 1512 à 1515, a habité Malacca, conquise en 1511, note dans sa Suma Oriental que le bois de santal provient de Sumba et Timor. Au XVII siècle, c'est toujours le cas de Timor, mais plus de Sumba. Florès, Roti et Savu ont peu d'intérêt pour la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou « Compagnie hollandaise des Indes orientales »).
Les Portugais établissent un fort à Kupang dans l'ouest de l'île, puis l'abandonnent. La VOC occupe Kupang en 1653, mais doit faire face, pour le commerce du santal, à des marchands de Florès. Les Portugais se sont entre temps retirés à Timor oriental. L'île est donc divisée en deux :
- la partie occidentale, occupée par les Pays-Bas, est finalement intégrée dans les Indes néerlandaises, qui proclament leur indépendance en 1945 sous le nom de République d'Indonésie ;
- la partie orientale, colonie du Portugal.
Au moment de la révolution des œillets au Portugal en 1974, l'Indonésie envahit le Timor oriental, alors que le FRETILIN, le principal mouvement indépendantiste, venait d'en déclarer l'indépendance. Suit une période d'occupation violente qui ne prendra fin qu'avec l'arrivée en 1999 de troupes internationales sous l'égide des Nations-Unies, à la suite d'un référendum organisé par le gouvernement indonésien, par lequel quelque 80% de la population du Timor oriental refuse le maintien dans l'Indonésie. En 2002, le Timor oriental a été officiellement reconnu État indépendant par la communauté internationale.
