L'entraînement ne tarda pas à commencer, rude et violent pour de jeunes enfants, mais destiné à les habituer aux situations extrêmes. Mendez imposa de lourdes punitions à ceux qui n'étaient pas assez forts ou qui n'étaient pas capables de travailler en équipe. Ainsi, il divisa les enfants en équipes de trois et leur proposa une course d'obstacles, avec à la clé un repas délicieux. Mais l'équipe qui arriverait dernière n'y aurait pas droit. John fut mis en équipe avec un autre garçon, Sam, et une fille, Kelly. Bien que vainqueur de la course d'obstacle individuellement, John ne fit pas preuve d'esprit d'équipe et ses coéquipiers arrivant les derniers, son équipe fut la seule à ne pas bénéficier du repas. John trouvait cela injuste, mais cette punition changea sa vision de la victoire. Deja leur enseigna les grandes batailles de l'histoire, et notamment les tactiques spartiates, comme lors de la bataille des Thermopyles.
Le lendemain, Mendez imposa une nouvelle course d'obstacles aux jeunes enrôlés. Cette fois-ci, grâce à un bon travail d'équipe, et en exploitant les qualités de ses équipiers, John remporta la victoire et le repas. Dès ce jour, il devint ami avec Sam et Kelly, avec lesquels il partagera longtemps des rapports très particuliers.
Deja apprit ensuite aux enfants comment les loups tuaient, en meute, des adversaires plus forts et plus grands qu'eux.
Mendez leur imposa de multiples tests, tous plus difficiles les uns que les autres. Il les abandonna un jour dans la nature sauvage de Reach, donnant à chaque enfant un morceau d'une gigantesque carte de la région où ils se trouvaient, avec pour consigne de rejoindre le point d'extraction. La punition pour les traînards était atroce : le dernier arrivé serait abandonné sur place et devrait rentrer par ses propres moyens à la base. Pour John, cela était inconcevable. Il monta un plan, et avec l'aide de ses nouveaux amis, parvint à voler un vaisseau Pelican aux hommes de Mendez et à ramener tous les enfants sans exception à la base.
Cet acte provoqua la colère de l'adjudant-chef, qui se demanda quoi faire de John. Halsey proposa d'en faire le chef d'escouade des Spartans.
Après quelques années de formation, Halsey jugea que les jeunes Spartans étaient prêts à recevoir de terribles augmentations physiques, par des injections de divers produits, avec pour but d'améliorer grandement la force, l'acuité, les réflexes, la rapidité, la solidité des os...