Préhistoire
Les fouilles archéologiques de 1933 ont révélé quelques foyers et 9 tombes mésolithiques (5500/5000 ans av. J.-C., soit la dernière période des peuples chasseurs-pêcheurs-cueilleurs) sur l’île. Des amas coquillers ont permis de conserver les ossements de 14 individus et nous éclairent sur le régime alimentaire de ces populations, largement basé sur les ressources halieutiques. La typologie de ces sépultures est proche de celles de Téviec, (îlot au large de Quiberon). Les défunts étaient ensevelis avec des silex taillés, des pendentifs et des colliers de coquillages, des outils en os, avec des ramures de cerfs encadrant certains corps.
Au début de l’ère néolithique en Bretagne, vers 5000 av. J.-C., Hoëdic faisait déjà partie d’un système insulaire avec Houat, séparée du continent par le passage de la Teignouse. Progressivement, vers 3500 avant J.-C., elle se séparera de Houat en raison de la remontée du niveau marin. L’île conserve de cette époque de nombreux vestiges, dont tout un système d’alignements de menhirs (Paluden, pointe du Vieux-Château, Graoh Denn, Douet...), des tertres du Néolithique moyen 1, quelques menhirs (menhir de la Vierge, Pierre couchée) et plusieurs dolmens (dolmen de la Croix, dolmen de Port-Louit, dolmen de Beg Lagad, dolmen du Télégraphe...).
Époque gauloise
En 2004, une présence gauloise a été attestée par la découverte du site de Port-Blanc. Daté de la fin du Second Âge du fer (II ‑ I siècles av. J.-C.), un atelier de production de sel a été mis au jour, accompagné d’espaces à vocation domestique.
La bataille des Cardinaux
Le 20 novembre 1759, lors de la guerre de Sept Ans, les rochers des Cardinaux, au sud-est de Hoëdic, donnèrent leur nom à la bataille navale des Cardinaux que l’escadre britannique de l’amiral Edward Hawke remporta sur une escadre française venant de Brest. Celle-ci devait rejoindre la flotte française rassemblée dans le Morbihan pour transporter un corps expéditionnaire qui aurait débarqué en Écosse. Les trois quarts de la flotte française purent s’échapper et se réfugier dans différents ports bretons, mais cette sévère défaite interdit à Choiseul de porter la guerre en Grande-Bretagne.
Période moderne
En 1815, Hoëdic et Houat furent rattachées à la commune de Belle-Île et mises en quarantaine par le sous-préfet pour contrebande.
De 1815 à 1825, Houatais et Hoedicais élaborèrent un Règlement qui tint lieu de constitution à ces petites « républiques » insulaires et qui prit un tour plus théocratique par la suite.
De 1822 à 1892, en l’absence d’un maire sur l’île, les recteurs (curés) de Hoëdic jouirent d’un statut particulier, appelé « Charte d’Hoëdic » lors de la signature de celle-ci en 1857, faisant d’eux l’unique autorité administrative, judiciaire, religieuse et économique sur l’île. Ils faisaient fonction de banquier, de juge, de marchand (leur magasin général était nommé la « cantine »). Ils obtinrent en 1863 une franchise fiscale tandis que la cantine fut exemptée des droits de débit.
En 1883, le préfet du Morbihan réforma le Conseil des îles dont faisait partie Hoëdic pour en républicaniser la composition.
En 1891, l’île fut détachée de la commune de Belle-Île et érigée elle-même en commune. L’année suivante le « Règlement » fut abandonné et le recteur perdait sa fonction administrative et temporelle avec l’élection du premier maire.
En 1932, Jean Epstein tourne sur l’île un film de fiction, L'Or des mers.
