C'est la septième plus grande île du monde en superficie, soit une surface légèrement inférieure à l'Ouganda et la deuxième plus peuplée après l'île de Java.
Elle s'étire en longueur sur plus de 1 290 km, sa largeur varie entre 50 et 240 km, pour une surface de 230 510 km², ce qui représente environ 60 % de la surface totale du Japon.
Montagneuse et volcanique, Honshū est souvent sujette à des tremblements de terre, qui provoquent parfois la mort de milliers de personnes. Le point culminant de cette île est le Mont Fuji, volcan actif qui culmine à 3 776 mètres. De nombreuses rivières sillonnent cette île, dont la plus longue est Shinano. La vie aquatique des rivières et des lacs est menacée par les pluies acides entrainées par la pollution des usines électriques.
