Une iléostomie est nécessaire lorsqu'une maladie ou une blessure a rendu le gros intestin incapable de traiter adéquatement les matières qu'il transporte, ou lorsque celui-ci a dû être enlevé au complet. Les maladies du gros intestin pouvant nécessiter son ablation incluent:
Une iléostomie peut aussi être nécessaire dans le traitement du cancer colorectal, le plus souvent lorsque la colectomie doit être réalisée en urgence, par exemple lorsque le cancer provoque une occlusion ou que le côlon s'est perforé. Dans ce cas, l'iléostomie peut être temporaire, puisque la procédure normale pour le cancer colorectal est de reconnecter les sections restantes du côlon ou du rectum suite à l'ablation de la tumeur, en autant qu'une portion suffisante du rectum demeure intacte de façon à préserver la fonction du sphincter.
Dans le cas d'une iléostomie temporaire, une boucle du petit intestin est passée à travers la peau et ni le côlon, ni le rectum ne sont retirés. Une iléostomie temporaire est également souvent pratiquée en tant que première étape de la construction d'un réservoir iléo-anal pour éviter que les matières fécales ne pénètrent dans le réservoir pendant que celui-ci guérit et jusqu'à ce qu'on soit certain qu'il ne fuit pas - ce qui représente habituellement une période allant de huit à dix semaines. La stomie temporaire est alors défaite (ou renversée) et la boucle d'intestin qui avait été utilisée pour la fabriquer est réparée par chirurgie, puis, l'orifice pratiquée dans la peau est refermée.