Isidore de Milet était un architecte byzantin du VI siècle.
Il se rendit célèbre par la construction de la basilique Sainte-Sophie à Constantinople, avec Anthemius de Tralles, entre 532 et 537. Il contribua également à l'édification d'autres églises de Constantinople, dont celle de Saints-Serge-et-Bacchus (527-536).
Isidore de Milet avait auparavant enseigné la physique à Alexandrie puis à Constantinople, et a également laissé des commentaires sur des livres d'architecture d'auteurs anciens.