Fils d'un seigneur d'Espenel dans la Drôme mais d'origine allemande, Jean Borrel, à la nombreuse fratrie, ne veut pas être à la charge de ses parents. Il entre comme chanoine régulier à l'Abbaye Saint-Antoine autour de 1508, y étudiant les langues anciennes et les mathématiques, jusqu'à pouvoir lire Euclide en grec.
En 1522 il est envoyé à Paris compléter ses études sous la férule de son compatriote Oronce Finé, mais en 1528, il retourne dans son abbaye et y devient père Abée. Enfin, passé soixante ans, il commence à publier ses ouvrages, principalement sur la géométrie et l'arithmétique.
Célèbre pour avoir réfuté ceux qui prétendaient avoir trouvé la solution de la quadrature du cercle, y compris Oronce Finé son maître, Buteo est également un fabriquant d'instruments. Il s'occupe aussi bien de décrypter les codes de serrures à clefs que de construire des cadrans solaires dont on garde encore aujourd'hui la trace. On lui doit encore dans un de ses ouvrages de s'être penché sur la structure de l'arche de Noé... et les partages après divorce. Une polémique l'oppose à Pelletier du Mans, qui ferraille contre lui dans sa lettre à Razallium (in le De occulta parte numerorum). En retour, Buteo critique sévèrement les Euclidis elementa demonstrationum (1557) de Jacques Pelletier.
Lors des guerres de religion, il doit quitter son abbaye et trouver refuge près de Romans, où il meurt de chagrin et d'ennui peu après son arrivée.