En 1893 il publia dans les Abhandlungen de Penck, Das Karstphänomen où il étudia les formes du terrain sur les calcaires dénudés de l'Istrie et de la Carniole, préludant aux observations sur l'érosion superficielle et souterraine dans les pays calcaires.
Jovan Cvijić était le grand maître de toutes les études karstiques. C'est lui qui a fixé la terminologie dont on s'est ensuite servi dans toutes les études ultérieures, introduisant dans le vocabulaire géographique les termes slaves de polje, doline, ouvala.
A la suite de cette publication il fut nommé, en 1893, professeur de géographie à l'École supérieure devenue depuis l'Université de Belgrade.
Il fonda l’Institut de géographie de l’université de Belgrade en 1894. Il devint recteur l’université de Belgrade en 1905 puis fonda la société serbe de géographie en 1910.
Il allait étendre de plus en plus le champ de ses études. Patiemment, il visitait les pays dinariques, la Macédoine et les régions voisines.
Les événements des Balkans avaient détourné son attention vers les questions de géographie politique et humaine. Dès 1902, il exposait à l'Académie des Sciences de Belgrade un plan de recherches sur les populations de la Péninsule. En 1906, il publia un important mémoire sur l'ethnographie de la Macédoine. Lors des guerres des Balkans de 1912-1913 réfugié d'abord en Suisse, puis à Paris, il put se remettre au travail, c'est à ces problèmes de géographie humaine qu'il revint. Pendant vingt ans, aidé de ses élèves, Cvijić s'était donné la peine de rechercher les traces des migrations imposées à beaucoup de ces populations poursuivant ses enquêtes dans les familles, essayant de retrouver leur origine d'après leurs traditions orales, surtout d'après les curieux livrets que beaucoup ont conservé et qui remontent parfois jusqu'à dix générations.
A cette époque, à la demande de Vidal de la Blache il voulut bien faire à la Sorbonne - Faculté des Lettres de Paris - un cours sur la géographie de la Péninsule (1917-1918).
Il publia en français en 1918 son livre : La Péninsule balkanique, géographie humaine avant la traduction en serbe.
Après la paix, il rentra à Belgrade où il reprit son enseignement, en même temps qu'il s'occupa activement de la réorganisation de l'Université. Il reprit sa place de recteur au sein de l’université de Belgrade en 1919.
Il fut le responsable scientifique de la délégation serbe à la Conférence de paix de Paris (1919) au moment où se réalisait l'Union des Slaves du sud. Il fut le géographe serbe, ou mieux il fut avant la lettre le géographe de la Yougoslavie, puisque ses études portaient aussi bien sur la Bosnie que sur le Monténégro.
Il décède le 16 janvier 1927 à Belgrade dans sa soixante-troisième année.