C'est le deuxième paquebot d'une série de quatre navires-jumeaux, tous entrés en service en 1886, les trois autres étant La Champagne, La Bretagne et La Gascogne.
Il est mis en service en juin 1886 sur la ligne Le Havre-New York.
En février 1896, il entre en collision et coule l’Ailsa, de l’Atlas Line.
En 1897, il est équipé de chaudières neuves et d’une machine à quadruple expansion. Ses cheminées sont rehaussées et deux mâts sont supprimés.
Le 2 juillet 1898, La Bourgogne quitte New York pour un nouveau voyage avec, à son bord, plus de 500 passagers et 200 membres d’équipage. Le 4 juillet, vers 5 heures du matin, le paquebot entre en collision dans un brouillard très dense avec le voilier Cromartyshire qui faisait route vers Philadelphie. Sous le choc, les canots de sauvetage installés à tribord ont été détruits. Le navire tente de s’échouer mais il s’enfonce rapidement et coule une heure après la collision. 165 (ou 184 suivant les sources) rescapés sont recueillis par le Cromartyshire puis transférés sur le paquebot SS Grecian de l’Allan Line steamship qui prend le voilier en remorque et rejoint Halifax.
L’accident entraîna la mort de plus de 500 personnes, ce qui en fait la pire catastrophe de toute l’histoire de la Compagnie Générale Transatlantique en temps de paix. Le commandant Deloncle, père d'Eugène Deloncle, refusa de quitter sa passerelle et fut englouti en mer avec son bateau. L'une des victimes du naufrage fut le peintre Léon Pourtau.