Géologie
Sa longueur maximale est de 42 km sur un axe presque nord-sud. Sa largeur maximale, près de l'extremité sud, est de 10 km. La rive ouest est bordée de hautes montagnes allant jusqu'à 2 000 m d'altitude ; la rive est est également montagneuse, mais les pics y atteignent une altitude moindre.
Le lac est dans une vallée en forme de U formée par l'érosion glaciaire pendant une glaciation survenue il y a plus de dix mille ans. Il est alimenté par les rivières Matukituki et Makarora et est la source du fleuve Clutha. Le lac Hawea se trouve dans une vallée parallèle créée par un glacier 8 km plus à l'est. Ils sont séparés par une dorsale dont le point le plus étroit est large d'un kilomètre, lieu dit « The Neck ».
On trouve plusieurs petites îles au sud du lac, dont Rabbit, Stevensons et Harwich. Certains servent aujourd'hui de sanctuaires écologiques, par exemple pour le weka sur l'île Stevensons. La rive sud est peu accidentée, permettant l'installation de deux petites villes, Wanaka et Albert Town.
Climat
Le climat du lac est tempéré avec des moyennes de 26,1°C en janvier et 10,1°C en juillet et des minimales de 1,4°C en janvier et -8,2°C en juin. La précipitation moyenne annuelle est de 682 mm, c'est-à-dire pas très sec (quoiqu'il peut survenir des périodes de plusieurs semaines sans pluie), mais moins que les environs, dans le Fiordland au sud-ouest ou le West Coast à l'ouest. Les vents prédominants viennent du nord-ouest.