Le macaque de Mentawaï Macaca pagensis a longtemps été considéré comme une simple sous-espèce du macaque à queue de cochon Macaca nemestrina mais depuis peu, son statut d'espèce lui a été reconnu, sur des bases éthologiques, morphologiques et génétiques. C'est une espèce endémique des îles Mentawai constituées de 4 îles (Siberut, Sipora, Pagaï du nord, Pagaï du sud) situées à l'ouest de Sumatra en Indonésie. Ces îles ont été séparées de la masse des autres îles de la Sonde depuis 500 000 ans. On le rencontre uniquement sur 3 des 4 îles de l'archipel car les macaques présents sur Siberut ont récemment été reconnus comme appartenant eux-aussi à une espèce distincte, le macaque de Siberut, Macaca siberu qui lui est plus proche génétiquement du macaque à queue de cochon. Il est encore possible de lire dans certains articles que les deux espèces sont des sous-espèces, Macaca pagensis pagensis et Macaca pagensis siberu, mais la communauté scientifique est de plus en plus unanime pour distinguer les deux espèces.
Les caractéristiques morphologiques de l'espèce sont une queue courte, un corps assez massif. Le pelage est de couleur brun foncé sur la face dorsale, les épaules et les côtés du cou sont de couleur ocre-fauve, et on note la présence de favoris sur les joues. La face est glabre et de pigmentation très sombre de brun à noir. Les membres postérieurs sont bruns, un peu plus clairs que le dos et les membres antérieurs sont bruns rougeâtres, couleur acajou.
L'espèce s'est séparée assez tôt des autres espèces de macaques, il y a 2,4 à 2,6 millions d'années à l'exception du macaque de Siberut Macaca siberu dont elle est un clade frère.