Contrairement à d'autres régions du monde où la méningite apparaît surtout sporadiquement sous forme de petits groupes de cas, l'Afrique sub-saharienne souffre d'épidémies explosives et répétées de méningite depuis plus de 100 ans. Entre 1998 et 2009, plus d'un million de cas ont été recensés dans la "ceinture de la méningite," une bande de terrain qui s'étend du Sénégal à l'ouest à l'Ethiopie à l'est, limitée au nord par le désert et au sud par la forêt tropicale, et dont la population est estimée à 450 millions de personnes. La plus grande épidémie de méningite de l'histoire a eu lieu en 1996-1997, avec plus de 250 000 cas et 25 000 décès rapportés sur le continent africain. Environ 85% des cas de méningite à méningocoques en Afrique sont causés par le groupe A, un groupe que l'on retrouve occasionnellement en Asie et très rarement dans les pays industrialisés.
D'après le chercheur et épidémiologiste Brian Greenwood, le profil saisonnier des épidémies de méningite à méningocoques en Afrique est l'un des exemples les plus remarquables en médecine de l'influence du climat sur une maladie infectieuse. Les épidémies commencent au début de la saison sèche, vers le mois de décembre, se développent rapidement et cessent à l'arrivée des premières pluies, vers le mois de juin. Sécheresse, poussière et vents de sable amenés par l'harmattan assèchent la barrière muqueuse protectrice, affaiblissant les défenses immunitaires et facilitant la propagation de la maladie. L'incidence peut rester élevée pendant 1 à 2 ans, culminant lors de pics saisonniers séparés par des périodes de rémission.
Depuis les années 1940, les vagues épidémiques surviennent tous les 8 à 12 ans, mais deux phénomènes troublants ont été observés depuis le début des années 1980: les intervalles entre les épidémies sont devenus plus courts et plus irréguliers, et la ceinture de la méningite semble s’étendre vers le sud et toucher des régions qui avait été épargnées jusque maintenant, comme l’Angola, le Burundi, la République démocratique du Congo, le Rwanda (région des Grands Lacs) et la Zambie. A ce stade, il n’est pas possible de dire avec certitude si ces changements sont réels ou s’ils sont le résultat d’une meilleure surveillance de la maladie dans la région.